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随机森林法筛选新生儿社区感染甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌耐药和分子特征

2021-07-09徐少林董茜刘燕玲李文辉傅锦坚叶小华

广东药科大学学报 2021年3期
关键词:头孢西丁葡菌毒素

徐少林 1,董茜 ,刘燕玲 ,李文辉 ,傅锦坚 1,叶小华

(1.柳州市妇幼保健院检验科/预防保健科,广西柳州 545001;2.广东药科大学公共卫生学院,广东广州 510310)

金黄色葡萄球菌(简称金葡菌)是引起新生儿细菌性感染的主要病原菌之一[1]。而随着抗菌药物的广泛使用,导致具有高致病性和多重耐药性的耐甲氧西林金葡菌(methicillin-resistantS.aureus,MRSA)感染的增加,使治疗效果下降,治疗难度进一步加大[2]。值得重视的是,新生儿免疫系统发育尚不完善,其机体处于易感状态,极易受到病原菌(特别是高致病性、高耐药性的金葡菌和MRSA)侵袭,从而导致皮肤软组织感染、肺炎,甚至引起败血症、心内膜炎等严重感染疾病。同时,新生儿处于生长发育的重要时期,其抗生素的临床用药非常有限。因此,加强新生儿金葡菌感染菌株的耐药性及致病力监测,及时掌握其耐药谱,对临床合理使用抗菌药物和控制流行传播至关重要。目前国内外研究主要局限于研究新生儿MRSA感染菌株[3-5],但是对MRSA菌株的特异性的耐药和分子特征至今仍未阐明,且缺乏同样具有高致病性的甲氧西林敏感金葡菌(methicillin-susceptibleS.aureus,MSSA)的新生儿感染研究。因此,本研究对新生儿感染MRSA和MSSA菌株的耐药性和分子特征进行深入研究,探究MRSA相关的特异性耐药和分子特征,为指导临床预防和治疗新生儿金葡菌感染提供重要的理论依据。

1 对象与方法

1.1 研究对象

研究对象为2014年4月至2017年5月在柳州市妇幼保健院就诊的社区获得性金葡菌感染的新生儿(年龄≤28 d)。根据发病时间将新生儿感染分为早发型(日龄1~7 d)和晚发型(日龄8~28 d)。收集患者的基本信息,包括性别、年龄、临床症状、感染类型、抗生素使用情况等。本研究中所有患者监护人均签署知情同意,且获得柳州市妇幼保健院伦理委员会批准(NO:2018-085)。

1.2 菌株分离鉴定

菌株分离鉴定实验包括:甘露醇氯化钠培养基显色反应、革兰染色、触媒试验、溶血试验及凝固酶试验,以上实验均为阳性者初步鉴定为金葡菌。采用PCR实验确认金葡菌是否携带16Sr RNA、nuc、mecA基因[6],均携带16Sr RNA和nuc基因的确认为金葡菌;mecA阳性或头孢西丁耐药的金葡菌被鉴定为MRSA。

1.3 药敏试验

参考美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)2015版,对所有金葡菌进行抗生素敏感性试验,包括β-内酰胺类(青霉素、头孢西丁)、大环内酯类(红霉素)、林可酰胺类(克林霉素)、四环素类(四环素)、叶酸代谢抑制剂(复方新诺明)、利福霉素类(利福平)、苯甲醇类(氯霉素)、氟喹诺酮类(环丙沙星)、氨基糖苷类(庆大霉素)、糖肽类(万古霉素)和恶唑烷酮类(利奈唑胺)。多重耐药(multidrug-resistant,MDR)是指对3类或3类以上的抗菌药物不敏感。以金葡菌ATCC 29213作为对照菌株。

1.4 基因检测

利用PCR实验检测细菌DNA中毒素基因,包括免疫侵入基因(scn、chp、sak)、肠毒素基因(sea、seb、sec、sed、see、seg、seh、sei、sej、sek、sel、sem、sen、seo、sep、seq、ser、seu)、溶血毒素基因(hla、hlb、hld)、中毒性休克综合征毒素基因(tsst1)及杀白细胞毒素基因(pvl)[7-9]。

1.5 统计方法

采用STATA version 14.0,运用χ2或Fisher确切概率法来确定MRSA和MSSA之间临床特点、耐药表型和分子特征的差异。同时,利用R i386 3.5.1 软件,采用随机森林法对特征变量(耐药表型和分子特征)进行重要性评分,通过计算平均不纯度减少值(mean decrease gini,MDG),评定特征变量的重要性,从而得到MRSA相关的重要特征变量。检验水准α=0.05。

2 结果

2.1 基本情况

共检出92株新生儿金葡菌临床感染菌株,其中29株(31.5%)MRSA,63株(68.5%)MSSA。标本主要来源于痰液(59株,64.1%),其次是来自脓液(22株,23.9%)、血液(5株,5.4%)、其他来源(6株,6.5%)。人群主要以晚发型感染(84.8%)为主,男性52例(56.5%)。

2.2 新生儿金葡菌多重耐药情况

92株新生儿金葡菌中有33株(35.9%)为多重耐药金葡菌(MDRSA),其中9株MDRSA均对红霉素、克林霉素及头孢西丁耐药,提示新生儿金葡菌的主要耐药模式为红霉素-克林霉素-头孢西丁,具体见图1。

图1 新生儿金葡菌的抗生素耐药谱Figure 1 Antibiotic resistance spectrum of S.aureus from neonates

2.3 比较MRSA和MSSA的临床特点

结合相关临床资料,晚期新生儿易发生金葡菌感染而就医,感染金葡菌的新生儿多数引发肺炎(61.4%),少数发生败血症(5.4%);大多数(59.8%)住院时间≤10 d,少数(8.7%)转入ICU治疗,且有少数新生儿(13.0%)入院前使用过抗生素。不同年龄组新生儿的MRSA比例不同,其中8~14 d新生儿的MRSA比例最高(52.0%),≤7 d新生儿的MRSA比例最低(14.3%),差别具有统计学意义(P<0.05);感染MRSA的新生儿比感染MSSA的住院时间长,差别具有统计学意义(P<0.05)。见表1。

表1 新生儿MRSA和MSSA的临床特点比较Table1 Comparison of clinical characteristicsbetween MRSA and MSSA from neonates[n(%)]

2.4 MRSA与MSSA的耐药情况比较

新生儿金葡感染菌株对青霉素(96.7%)的耐药性最高;所有菌株对万古霉素均敏感,大部分菌株对氯霉素和利奈唑胺敏感。新生儿MRSA菌株对青霉素和头孢西丁耐药率均高于90%。此外,MRSA对头孢西丁、红霉素、克林霉素及四环素耐药率均明显高于MSSA,差别均具有统计学意义(P<0.05)。MRSA的多重耐药率明显高于MSSA(79.3%vs 15.9%),差别具有统计学意义(P<0.05)。见表2。

表2 新生儿MRSA和MSSA的耐药情况比较Table 2 Comparison of resistance between MRSA and MS‐SA from neonates[n(%)]

2.5 MRSA与MSSA的毒素基因携带情况比较

新生儿金葡菌携带的免疫侵入相关基因以sak(95.7%)为主;肠毒素基因携带率均低于25%;携带溶血毒素基因hla(97.8%)和hld(94.6%)的比例较高;菌株携带pvl(17.4%)和tsst1(26.1%)基因比例较高。MRSA与MSSA菌株对各类毒素基因携带率的比较发现,MRSA菌株的sek携带率明显高于MS‐SA菌株(34.5%vs9.5%),且差别有统计学意义(P<0.05);MRSA菌株pvl携带率稍高于MSSA菌株(24.1%vs14.3%),但差别不具有统计学意义(P>0.05),见表3。

表3 新生儿MRSA和MSSA的毒素基因携带情况Table 3 Comparison of virulence carriage between MRSA and MSSA from neonates[n(%)]

2.6 筛选MRSA重要特征变量的随机森林分析

采用随机森林筛选MRSA相关的耐药和分子特征,并对特征变量进行重要性排序,分析结果表明,MRSA相关的前5位重要特征变量分别为红霉素耐药、克林霉素耐药、四环素耐药、携带sek基因、携带pvl基因,重要性评分见图2。

图2 MRSA菌株的耐药和分子特征的重要性排序Figure 2 Importance ranking of drug resistance and molecular characteristics of MRSA strains

3 讨论

新生儿易受到金葡菌侵入而发生感染,在治疗新生儿金葡菌感染有限可选的抗生素中,应谨慎用药,避免细菌耐药进一步发展。本课题组对新生儿感染的金葡菌的耐药性和分子特征进行研究,共分离出92株新生儿金葡菌感染菌株,主要以晚发性为主,与既往研究一致,表明金葡菌主要引起新生儿晚发型感染[10]。92株新生儿感染金葡菌中,31.5%为MRSA,与无锡市儿童医院新生儿感染金葡菌中MRSA比例相近(28.6%)[11],但明显低于既往研究中北京儿童医院新生儿感染金葡菌中MRSA比例(64.5%)[10]。本研究显示,感染MRSA的新生儿比感染MSSA的住院时间长,提示MRSA菌株具有多重耐药性和高致病力的特点;8~14 d新生儿的MRSA比例最高(52.0%),提示2周内新生儿是MRSA感染的重点人群。

近年来金葡菌的耐药水平越来越高,多重耐药情况也越来越严重。既往文献可知,一般人群金葡菌感染菌株耐药情况较新生儿严重,故针对新生儿抗生素的使用应有别于一般人群[12-14]。本研究揭示,近一半新生儿金葡菌对红霉素、克林霉素耐药,仅小部分新生儿金葡菌对头孢西丁和四环素耐药。提示针对新生儿金葡菌感染而言,可将耐药率较低的头孢西丁和四环素作为经验用药,而耐药性相对较高的红霉素和克林霉素则需参考药敏结果使用。同时新生儿金葡菌对复方新诺明、庆大霉素、利福平、环丙沙星、氯霉素及利奈唑胺均保持较高的敏感性,且所有菌株均对万古霉素敏感。以上结果提示新生儿发生金葡菌严重感染时,氯霉素、利奈唑胺等药物能达到较好的治疗效果,万古霉素可作为治疗难治感染的最后一道防线。值得关注的是,本研究单因素分析提示,MRSA对头孢西丁、红霉素、克林霉素及四环素的耐药率均明显高于MSSA,且MRSA的多重耐药率明显高于MSSA;与既往研究结果相似[13,15],提示MRSA的耐药情况整体比MS‐SA严重,因此给新生儿MRSA感染的临床治疗带来极大挑战。由此可见,临床应控制抗菌药物滥用情况,避免MRSA耐药进一步发展,应根据新生儿感染菌株的耐药谱进行合理用药治疗。

MRSA菌株具有强致病性,毒素基因在菌株致病能力上发挥重要作用。值得关注的是,MRSA菌株致病相关的特异性毒素基因至今仍未阐明。最新研究表明,婴幼儿腹泻与金葡菌肠毒素有关[16]。本研究中新生儿金葡菌中各肠毒素基因携带率均低于25.0%,比其他年龄组金葡菌的肠毒素基因少[17]。但仍需注意的是,母乳中常有金葡菌,是新生儿金葡菌感染最重要的病原体之一,故有必要采取良好的卫生习惯,以减少新生儿感染的风险[18]。本研究中tsst1的携带率为26.1%,明显高于新生儿鼻定殖菌株(0.0%)[19],提示tsst1可能与金葡菌感染、致病密切相关。本研究单因素分析提示,MRSA菌株中肠毒素sek基因携带率明显高于MSSA菌株,其他毒素基因携带率差别没有统计学意义,与既往研究结果基本一致[19]。既往研究发现,MRSA菌株pvl基因的携带率明显高于MSSA菌株[19-20];本研究中MRSA菌株pvl基因的携带率稍高于MSSA菌株,但差异无统计学意义,今后可增加样本含量进一步研究确认以上研究结果。同时,MRSA和MS‐SA菌株中大部分的毒素基因携带率均无差别,提示MSSA菌株也具有广泛的毒素基因,其毒力和致病性不容忽视,因此也应引起重视。

随机森林法分析结果表明,红霉素耐药、克林霉素耐药、四环素耐药是MRSA相关的重要耐药特征变量,也揭示了MRSA多重耐药状态可能与对这几类抗生素耐药密切相关;携带pvl基因和sek基因是MRSA相关的重要分子特征变量。

本研究采用单因素χ2分析和随机森林相结合分析方法,深入比较MRSA和MSSA菌株的耐药特征和分子特征,揭示MRSA相关的重要耐药特征变量和分子特征变量,为今后深入探究MRSA相关的耐药机制和致病能力提供重要理论基础。

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