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基于生物信息学手段筛选对肾透明细胞癌具有潜在干预作用的天然活性成分及中草药

2021-06-23徐易德陈琪白雪莹韩亚录张云霞常福厚

药学研究 2021年5期
关键词:中草药数据库

徐易德,陈琪,白雪莹,韩亚录,张云霞,常福厚,2,3

(1.内蒙古医科大学药学院,内蒙古 呼和浩特 010000;2.内蒙古自治区新药筛选工程研究中心,内蒙古 呼和浩特 010000;3.内蒙古医科大学新药安全评价研究中心,内蒙古 呼和浩特 010000)

肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)作为最常见的肾癌形式,约占成人癌症的2%~3%[1],其中接近25%~30%的RCC患者被诊断为局部晚期甚至转移阶段,严重威胁人类的健康和生命[2]。临床病理学分析大多数RCC属于透明细胞亚型(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC),其中约10%为乳头状亚型,5%为嫌色细胞型,其他亚型如集合管癌、移行细胞癌和髓样癌约占5%~10%[3]。RCC的治疗方式包括手术切除和放疗,治疗药物包括VEGF和VEGF-R抑制剂,mTOR抑制剂以及免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICI)近几年也同样受到关注[4-6],然而,肿瘤对化疗不敏感性以及逐渐形成多药耐药性,是治疗RCC的难点之一。因此需要寻找更加合适的治疗方式。

随着中医药现代化的发展,在中药中寻找干预癌症的天然化合物的研究愈发涌现。本研究利用生物信息以及网络药理学方法,筛选ccRCC癌变和进展的差异表达基因 (differentially expressed genes, DEGs),探究ccRCC相关机制,接着通过文本挖掘寻找可影响关键靶点的天然化合物,借助在线数据平台反向寻找含有目标化合物的中药,为中医药干预ccRCC的研究铺垫基础工作。

1 资料方法

1.1 肾透明组织基因表达谱数据获取 ccRCC芯片数据GSE781[7]源于美国国立生物技术信息中心(NCBI)中的GEO数据库[8](Gene Express Ominibus,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo),该数据集包含17个组织样品的基因芯片表达谱,其中12例ccRCC组织和5例邻近癌症的正常组织。每个总RNA样品均与两个不同的……

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