王 凡，徐世明，古同男，王宏娟

(首都医科大学燕京医学院生物化学与分子生物学教研室，北京 101300)

人血红素加氧酶-1(hHO-1)是一种细胞保护酶，在内体广泛分布。血红素可被hHO-1催化降解成胆绿素、CO和亚铁离子[1]。研究表明，hHO-1与呼吸系统、消化系统、心血管系统、泌尿系统、神经系统等疾病发生、发展密切相关[1-2]。有报道称hHO-1启动子区(GT)n双核苷酸重复多态性与肿瘤关系密切，较短的(GT)n双核苷酸重复可能对食管鳞状上皮细胞癌的发生起抑制作用，而较长的(GT)n双核苷酸重复可能会增加患食管鳞状上皮细胞癌[2]，口腔癌和心血管等疾病[3]的风险。本研究利用生物信息学方法，通过对hHO-1基因启动子转录因子结合位点及CpG岛的预测分析，探讨hHO-1启动子区与相关疾病的关系，旨在为今后研究hHO-1的生物学功能及调控机制提供有价值的信息。

1 材料与方法

1.1 材料

hHO-1基因及启动子序列信息的获取：美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。TATA盒预测网站：Softberry(http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=tssw & group=programs & subgroup=promoter)。转录因子结合位点预测网站：PROMO(http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3)，Gene regulation(http://gene-regulation.com/)。CpG岛位置预测网站：CpGFinder(http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder & group=programs & subgroup=promoter)，MethPrimer(http://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi)。

1.2 方法

1.2.1hHO-1基因及其启动子序列的获取

在NCBI中搜索人HO-1基因，进入GenBank获取hHO-1基因序列。在Sequence text view中选取转录起始点上游3 000 bp的序列，将序列上传至Nucleotide BLAST中进行比对，推测出启动子序列长度。在Softberry中上传启动子序列，预测TATA盒。

1.2.2hHO-1启动子转录因子结合位点预测

登录PROMO网站，在SelectSpecies选项中选择Only human factors和Only human sites。点击SearchSites按钮，将启动子序列上传至对话框中，设置Maximum matrix dissimilarity rate参数为5。登录Gene regulation网站，选择AliBaba2.1程序，设置Min mat.conservation参数为80%，上传序列预测即可。

1.2.3hHO-1启动子CpG岛预测

登录MethPrimer网站，将Window值设置为200，其他数据为默认值(Obp/Exp=0.6，GC%=50)，上传启动子和外显子1及部分内含子1序列进行预测。……