魏姗姗 闫 璐 邱贤文 赖 宽 米向斌 南方医科大学珠江医院皮肤科广州510280

红斑狼疮(lupus erythematosus,LE)是一种自身免疫性疾病,其发病机制尚不清楚,主要分为盘状红斑狼疮(discoid lupus erythematosus,DLE)、亚急性皮肤型LE和系统性LE,其中DLE是较常见的类型,占皮肤型LE的50%～85%。DLE病因不明,可能与免疫学改变、遗传、紫外线照射等多种因素相关,主要表现为头面、颈部等出现边界清楚的盘状红斑或斑块,伴轻度瘙痒,部分患者可出现轻度关节疼痛及光过敏等症状[1]。目前临床上多采用糖皮质激素、抗疟药等对症治疗,虽然取得了一定疗效,但仍存在皮肤黏膜萎缩、感染和复发等风险,影响患者免疫功能、外观和生活质量,极少数患者演变为其他皮肤恶性肿瘤[2]。随着高通量研究方法的应用,高通量数据分析及信息筛选成为重要研究手段[3]。本文通过挖掘NCBI的基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)数据库中DLE的基因芯片数据(GSE81071),将微阵列技术与生物信息学分析相结合,筛选差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),采用DAVID、STRING、CIBERSORT等数据库进行DLE相关DEGs的功能富集分析、信号通路分析及核心基因识别[4]。既往研究发现DLE发病与局部免疫细胞浸润密切相关,传统的DEGs研究方法侧重于单个基因,本文首次采用CIBERSORT对其进行22种免疫细胞浸润分析,旨在更深入地了解DLE的发病机制,为寻找其治疗靶点和预防新方案提供方向。

1 材料与方法

1.1 基因芯片数据 从GEO数据库GSE81071获取数据集,基于GPL19983平台([HuGene-2_1-st]Affymetrix Human Gene 2.1 ST Array),由Berthier CC等提交,包括60个样本,其中DLE皮肤组织47例和正常皮肤组织13例。

1.2 DEGs筛选 采用R语言对芯片数据进行背景校正、标准化、汇总和探针质量控制,下载注释包进行ID转换,提取表达矩阵,加载limma包,以P＜0.05、|logFC|＞1.5为标准筛选DEGs,绘制热图和火山图。……