基于生物信息学分析LOXL2在肺腺癌中的表达及临床意义
2021-05-18全静雯刘嘉慧周泉李林海
全静雯 刘嘉慧 周泉 李林海
肺癌(Lung cancer)是目前我国死亡率最高的恶性肿瘤之一,近年来发病率和死亡率持续升高,患者的5年生存率小于15%[1]。肺癌可分为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)和小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC),NSCLC包括鳞癌、腺癌、大细胞癌和腺鳞癌。关于肺癌已经有大量研究[2-3],但是其分子机制仍不完全清楚。因此,探索和发现肺癌发生和进展的分子调控机制,找到肺癌在潜移默化发展过程中的基因调控网络,进而在分子水平上预防或阻断肺癌的进展就显得尤为重要。赖氨酸氧化酶样蛋白(Lysyl oxidase-like protein 2,LOXL2)是赖氨酸氧化酶家族的重要成员,属于胺氧化酶类分子,其基因定位于染色体8P21.2-P21.3,由前体5ze3 双链构成[4]。LOXL2在细胞外基质中通过参与弹性蛋白的形成[5],在诱导上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)、维持结构完整、增强细胞运动、促进肿瘤发生发展等过程中发挥作用[6]。本研究通过多种数据库进行数据挖掘,分析LOXL2基因在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD),中的表达水平及预后意义,为后续研究LOXL2基因在肺腺癌发生发展中的作用奠定基础。
1 材料与方法
1.1 LOXL2 基因在不同癌种中的表达
在UALCAN 数据库中进行TCGA Gene Analysis,基因检索LOXL2,选择肺腺癌,检出结果中运用泛癌表达分析(pan-cancer view)。Oncomine(www.oncomine.org)数据库收集分析肿瘤样本的基因表达谱芯片数据,同时提供转录组数据。通过Oncomine 数据库分析LOXL2基因在不同癌种中的表达,临界值设定条件为Pvalue <0.05 和Gene Rank Top 10%。使用GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析LOXL2基因在肺腺癌中的表达差异。GEPIA 平台包括来自TCGA 和GTEx(Genotype-Tissue Expression)数据库的肿瘤组织和正常组织的RNA 测序数据,基因检索(Enter gene name)中输入LOXL2,之后点击Boxplot 功能,查看其在肿瘤组织和正常组织中的表达情况。……
