基于网络药理学研究杨桃根防治糖尿病肾病的作用机制
2021-05-11张宏亮黄天敏黄光明黄仁彬黄振光
张宏亮,蒋 霞,黄天敏,丘 岳,黄光明,黄仁彬,黄振光
广西医科大学第一附属医院药学部,南宁 530021
糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)是糖尿病的主要并发症之一,亦是发达国家和地区终末期肾病(end-stage renal disease,ESRD)的首要原因[1]。目前对于DKD,尚缺乏特异性的治疗药物。临床上主要通过控制血糖、血压、血脂、尿酸以及使用肾素-血管紧张素系统抑制剂、改善肾脏微循环药物等延缓DKD进展[2]。
中草药由于其多组分、多途径、多靶点的优势,在复杂疾病的防治方面显示了良好的效果。我们前期开展了若干抗DKD中草药及其活性成分的研究,发现酢浆草科属植物杨桃根(the root ofAverrhoacarambolaL.,RAC)在防治DKD方面显示了良好的优势[3],但作用机制不明。网络药理学是基于整体性与系统性的一种研究方法,将药物-靶点与生物信息网络相结合,类似于中医提出的整体、辨证的观点[4]。基于此,我们将采用网络药理学方法,构建杨桃根主要成分与DKD共有靶点,探讨杨桃根防治DKD的潜在作用机制。
1 研究方法
1.1 杨桃根有效成分筛选
根据我们课题组前期关于杨桃根物质基础的研究结果[5,6],结合查询关于杨桃根成分的文献,建立成分库。通过PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/search/)和Chemspider数据库(http://www.chemspider.com/Default.aspx),查询已鉴定的成分的Canonical SMILES 字符串。
1.2 靶点筛选
杨桃根成分的靶点预测采用Swiss Target Prediction数据库( http://www.swisstargetprediction.ch/)。该数据库通过2D和3D结构相似性的特点,间接预测化合物的作用靶点[7]。具体操作为,将上一步查询到的Canonical SMILES字符串输入Swiss TargetPrediction网站,从而获得每一成分的潜在靶点。
DKD疾病靶点预测采用GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)。分别以“Diabetic Kidney Disease”,“Diabetic nephropathy”作为关键词进行检索,以相关性分数(Relevance score≥30)作为筛选条件,从而得到DKD相关靶点。……
