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肺腺癌中关键RNA结合蛋白预后评估模型的构建*

2021-04-28杨文娟马青梅马梦婷刘欣跃

国际检验医学杂志 2021年8期
关键词:关键数据库差异

杨文娟,马青梅,马 莉,马梦婷,张 倩,刘欣跃

兰州大学第二医院检验医学中心,甘肃兰州 730030

肺癌的发病率居各大癌症之首,也是引起癌症患者死亡的主要原因[1]。据世界卫生组织报道,2018年肺癌发病和死亡人数分别为210万例、180万例,肺腺癌占所有肺癌的40%~55%,发病率逐年上升[2]。目前,尚缺乏对肺腺癌进行有效诊断和预后评估的分子标志物,导致大多数患者临床确诊时已处于晚期且5年生存率较低。因此,迫切需要分析肺腺癌预后的风险因素,以及确定肺腺癌的预后分子标志物。

RNA结合蛋白(RBPs)是一类具有RNA结合域的蛋白总称,包括信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA(lncRNAs)、微小RNA(miRNAs)和核糖体RNA(rRNAs)等,参与剪接、修饰、转运、定位和翻译等一系列生物学过程。此外,RBPs在维持细胞生理稳态,尤其是发育和应激反应等方面也发挥重要功能[3]。GERSTBERGER等[4]已筛选出1 542种RBPs,然而目前仅有少数研究探讨了RBPs的生物学功能及致病机制。研究报道称大多数肿瘤中均有RBPs表达失调的现象,可能与肿瘤的发展、迁移、预后等过程密切相关[5-6]。本文对肺腺癌患者RNA测序数据进行生物信息学分析,挖掘差异表达RBPs,探讨RBPs对肺腺癌患者生存预后的影响。

1 资料与方法

1.1一般资料 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载526例肺腺癌组织和59例正常组织的RNA测序数据。为了扩大正常组织的样本数,下载基因型-组织表达(GTEx)数据库中288例正常组织的RNA测序数据。以上TCGA和GTEx数据库中肺腺癌和正常组织的测序数据均来自UCSC数据库(https://xenabrowser.net/datapages/)。

1.2GO功能注释和京都基因与基因组百科……

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