聂泽彤 综述 胡博杰 审校

天津医科大学眼科医院 天津医科大学眼科研究所 天津医科大学眼视光学院 300384

自发现转录组是基因组和蛋白质组间的关键中间体以来，转录本的鉴定和基因表达的量化一直是分子生物学研究的核心内容[1]。20世纪90年代初，表达序列标签和基因表达序列分析是早期分析基因表达的方法，90年代末，微阵列由于其高通量的特性迅速成为研究基因表达的首选方法[2-4]。RNA-seq是一种使用深度测序技术的转录组学分析方法，可准确地捕捉数千个基因和RNA分子亚型，目前已成为转录组基因表达定量的金标准[5-7]。其利用高通量下一代测序技术来调查、表征和量化转录组，并且允许识别新的外显子、剪接位点和转录本[8-10]。RNA-seq现已广泛应用于神经系统、心血管系统、血液系统、消化系统等研究领域，并逐渐取代DNA微阵列，成为转录组分析的首选方法[11]。在眼科研究领域中，RNA-seq日渐成为一种重要的测序工具，在多种眼科疾病的研究中都取得了一定进展，为进一步明确诊断、发掘潜在致病基因、探索致病机制和临床方法提供新的思路[12-16]。本文从RNA-seq技术的优势、测序平台的选择、文库制备和数据分析以及该技术在糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy，DR)中取得的进展进行综述。

1 RNA-seq技术的优势

RNA-seq技术与微阵列相比有明显的优势。第一，RNA-seq可用于检测已知的转录本，也可以识别、表征和量化新的剪接亚型，检测等位基因的特异性表达[11]；而微阵列仅可以对带注释的转录组进行全面采样，不能对整个转录组进行测序、发现新的基因和研究可变剪切转录本[8,17]。……