熊思灿,胡桂开,阮周生

(东华理工大学理学院,江西 南昌330013)

1.引言

杂交合作(Collaborative Cross,CC)小鼠计划于2004年正式提出[1],它由具有不同性状的八个基本(founder)小鼠品系近亲杂交约20代形成.理论上,CC小鼠的基因型应该是纯合的(homozygous).实际中,当CC小鼠基因型中的纯合子比例达到98%及其以上时,便停止繁殖[2].此外,理论上,CC小鼠的每个位点具有等可能,即1/8的概率继承8个祖先中的任何一个.实际上,每个祖先的贡献可能不同[3].

重组近亲杂交(recombinant inbred intercrosses,RIX)实验是ZOU等于2005年为了克服重组近亲(recombinant inbred,RI)品系的不足之处,如样本量小等,而提出的.[4]基于RIX实验所得品系的数量性状位点定位(quantitative trait loci,QTL)功效会得到提高.当RIX实验的杂交小鼠选择为CC品系时,将会得到CC-RIX品系.CC-RIX品系具有很多CC品系以及RIX品系不具有的优点,它是一个可重复(reproducible)产生的杂合子(heterozygous)多亲群体,其基因变异与人类是相似的.[5]基于CC-RIX品系,已有部分研究,如GONG和ZOU[6]考虑了系数随时间变化而变化的时变非参数数量性状位点定位方法,Giusti-Rodríguez等[7]考虑了抑制精神病药物的副作用的遗传基础问题,Graham等[5]考虑了细胞免疫表型的遗传位点定位问题[5],LIU等[8]考虑了带亲源效应(parent-of-origin,PoO)和主基因效应的联合建模问题,并采用了分块Gibbs算法对模型进行求解.分块Gibbs算法属于贝叶斯(Bayesian)算法的一种,具有如整块更新,可减少收敛时间等优点.但当位点个数较大时,其计算量依然很大.

惩罚函数法作为高维数据处理的又一方法,往往具有运算速度快,收敛时间短等特点.如LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)[9],SCAD (smoothly clipped absolute deviation)[10],adaptive LASSO[11],以及组LASSO(Group LASSO)[12]等.考虑到CCRIX的每个位点的基因型可……