史轶良，王烨金鹏，王行环

(武汉大学中南医院泌尿外科，湖北武汉 430071)

膀胱癌(bladder cancer，BC)是世界上第9大常见肿瘤，是男性第4大常见肿瘤，男性患者的中位诊断年龄大约在69岁，其死亡率位居所有肿瘤的第13位，是威胁人类健康的重要疾病[1]。大约90%的膀胱癌为尿路上皮癌。近30年来膀胱癌患者的存活率没有显著变化[2-5]。在发达国家，由于缺乏治疗膀胱癌的有效手段，其威胁程度甚至可以高于其他一些肿瘤。膀胱癌的发病机制涉及多个基因表达通路，而近年基因芯片的大量应用为研究膀胱癌的发生发展机制提供了许多新的方法与思路[6]。本研究通过生物信息学方法对基因芯片GSE13507进行研究，对其包含的膀胱癌与正常外观膀胱癌周围组织样本数据进行分析，为研究膀胱癌的发生发展机制提供可能的方向。

1 材料与方法

1.1 实验材料从GEO数据库中下载编号为GSE13507的基因芯片，该芯片包含256个样本。其中正常膀胱黏膜10例、正常外观膀胱癌周围组织的膀胱黏膜58例、原发膀胱癌165例、复发性非肌层浸润膀胱肿瘤23例。本研究选取原发性膀胱癌与正常外观膀胱癌周围组织的膀胱黏膜作为对照组进行基因微阵列研究[6]。该芯片的平台信息为：GPL6102(Illumina human-6 v2.0 expression beadchip)。芯片的探针注释信息来自Affymetrix公司。原始数据的CEL文件来自pubmed GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/)。

1.2 处理方式

1.2.1数据预处理和聚类分析 利用GEOquery包获取原始基因芯片数据并导入R软件，分析确认数据来源的正确性，利用软件获取基因的表达矩阵。对原始基因表达矩阵进行排序，将多次出现的序列取平均值后合并为一项，避免重复计算。……