唐标，吴静，郑华军，赵维，杨华*

(1.浙江省农业科学院 农产品质量安全与营养研究所，浙江 杭州 310021； 2.上海人类基因组研究中心，上海 201203；3.中国科学院 深圳先进技术研究院，广东 深圳 518055)

拟无枝酸菌(Amycolatopsis)大部分的菌株都是从土壤中分离，部分从海洋、沙漠、沉积物、临床样本等分离，归属于放线菌纲[1-2]、假诺卡氏菌目、假诺卡氏菌科[3-4]。近年来，该属菌种数量逐渐增加，迄今为止已有82个有效发表的典型菌种(https://lpsn.dsmz.de/genus/amycolatopsis)。该属的菌株可通过gyrB、recN和16S rDNA基因分划为多个分支[5-6]。该属菌种分为2个主要分支，东方拟无枝酸菌分支(Amycolatopsisorientalissubclade，AOS)和甲基拟无枝酸菌分支(Amycolatopsismethanolicasubclade，AMS)[5-8]。其中，AOS的菌株常被发现可以生产抗生素，例如A.orientalis生产万古霉素[9]、Amycolatopsismediterranei生产利福霉素[10-11]等。AMS的代表菌株A.methanolica是一个兼性甲基营养放线菌，未发现产生抗生素，且次级代谢物较少[8-12]。AMS中的菌种能够在45 ℃以上的条件下生长，属于嗜热放线菌[12-13]。后经过gyrB-recN-16S的串联核酸序列，将该属的35个菌种分为A～F分支[6]。然而，由于采用不同的序列及方法，获得的系统发育模式并不相同，因此，该属菌种的系统发育地位仍需进一步探究[14]。

全基因组数据目前已经被越来越多的用来分析原核细菌之间的进化关系，包括一些传统方法很难区分的放线菌[15]。基因组序列提供了更多的潜在分子标记用于系统发育。前期的研究在A.methanolica中发现了放线菌纲中普遍存在的特有基因AMETH_3452，定位在拟无枝酸菌属环形基因组的复制终点附近[8]。但是该基因的生理特征和应用前景尚不明确。

本研究对AMETH_3452基因进行了蛋白表达分析，对可能存在的保守位点进行了解析，利用AMETH_3452蛋白序列对拟无枝酸菌属内76个菌株的同源序列进行了系统发育分析，为该基因的功能解析和潜在的检测方法应用提供了基础。……