1株塞内卡病毒A型的基因组序列与演化分析
2021-02-27郭慧芳王白玉乔麒龙李永涛
李 宁,郭慧芳,王白玉,乔麒龙,黄 庆,李永涛,王 增,赵 军
(河南农业大学牧医工程学院,郑州 450046)
塞内卡病毒A(Senecavirus A, SVA)是小RNA病毒科(Picornaviridae)塞内卡病毒属(Senecavirus)唯一成员,为无囊膜单股正链线性RNA病毒[1-3]。SVA基因组大小约为7.3 kb,由5′端非编码区(5′-UTR)、1个编码多聚蛋白的开放阅读框(open reading frame, ORF)和3′端非编码区(3′-UTR)组成[4-6]。SVA早期被称作塞内卡谷病毒(Seneca Valley virus,SVV),原型为SVV-001[1,7]。塞内卡病毒病(Senecavirus disease,SVD)最先于2007年在加拿大被报道,其特征是鼻吻和蹄冠部产生明显水疱,发病母猪伴随发热和厌食,新生仔猪表现为腹泻、脱水、神经症状和急性死亡,尤其是1~4日龄的新生仔猪发病率可达70%,病死率为15%~30%[3]。随后在美国、加拿大、哥伦比亚、巴西、泰国、越南等国家的猪群中均报道有SVA的广泛分布[8-16]。
在中国,SVD于2015年在广东首次被报道,随后在广西、福建、湖北、河南、山东和黑龙江等省(区)陆续发生SVD疫情[17-34]。SVA引起的临床症状与口蹄疫、猪水疱病、水疱性口炎等疫病的临床症状相似,临床上难以区分。SVA在我国的广泛流行严重危害我国养猪业的健康发展。当前,我国尚没有商品化疫苗控制SVA的感染,加强SVA流行毒株的分子流行病学监测对于筛选未来用于制备疫苗的候选毒株,研发行之有效的疫苗和检测试剂至关重要。
2019年11月,笔者从河南省新乡市长垣县某育肥猪场送检的临床样品中分离到1株SVA,本研究对其进行了全基因序列测定和分析,以期为全面了解SVA在我国的流行状况和制定合理的防控措施提供参考。
1 材料与方法
1.1 病毒
SVA CH-HNCY-2019株由河南农业大学传染病教研室自河南新乡长垣县某发生典型的水疱病的育肥猪猪场分离并保存,病毒滴度为10-7TCID50· 0.1 mL-1。……
