lncRNA MIR4435-2HG的表达水平及甲基化状态与脑胶质瘤病理分级的关系
2021-02-05罗孝全
罗孝全 唐 辉 冯 浩 陈 兵 孙 谋
脑胶质瘤在临床组织学和遗传学上都具有较高的异质性,例如低级别胶质瘤普遍存在异柠檬酸脱氢 酶1(isocitrate dehydrogenases 1,IDH1)突 变[1]。lncRNA MIR4435-2H 是一种新的致癌基因[2]。本文探讨lncRNA MIR4435-2HG的表达水平及甲基化状态与脑胶质瘤病理分级的关系。
1 资料与方法
1.1 标本来源 选取2019年1~12月手术切除的脑胶质瘤组织110例,其中男51例,女59例;中位年龄52岁;低级别胶质瘤(WHO分级Ⅰ~Ⅱ级)65例,高级别胶质瘤(WHO 分级Ⅲ~Ⅳ级)55 例;IDH1 突变46例。另外选取颅脑损伤内减压术中切除正常脑组织20 例为对照,其中男13 例,女7 例;中位年龄50 岁。本研究经我院医学伦理委员的批准。
1.2 实时荧光定量PCR 法检测MIR4435-2HG 表达术中获取组织标本迅速置于液氮中,24 h 后放到-80 ℃长期保存。另外,所有病人初诊时采集血液样本,留取血清,置于-80 ℃保存。使用QIAamp Min⁃Elute Virus Spin 试剂盒 和Qiamp DNA/RNA FFPE 组织试剂盒(德国Qiagen公司)分别提取血清和石蜡包埋组织快中RNA。使用SensiFASTTM cDNA 合成试剂盒(美国Bioline 公司)对2μg RNA 进行逆转录反应,获得cDNA。以1μg 稀释后cDNA 为模板,用SYBR Green Master Mix 试剂盒(美国Bio-Rad 公司)制备qPCR 反应混合物。以GAPDH 作为内源性对照。基于2-ΔΔCT方法,MIR4435-2HG表达被标准化为内源性控制GAPDH。
1.3 MIR4435-2HG 基因启动子甲基化检测 使用EpiTect bisulfite 试剂盒(德国Qiagen 公司)进行亚硫酸氢钠处理,并用Wizard DNA 纯化树脂(美国Pro⁃mega 公司)对修饰后的DNA 样品进行纯化。使用200 ng DNA 进行甲基化特异性PCR(methylationspecific PCR,MSP)扩增。分别用甲基化或非甲基化DNA 序列的特异性引物来区分MIR4435-2HG 甲基化。PCR 产物经2.0%琼脂糖凝胶电泳分离。仅出现甲基化引物的阳性扩增被解释为完全甲基化,同时出现甲基化和非甲基化引物的阳性扩增被视为部分甲基化。……
