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基于生物信息学的溃疡性结肠炎免疫细胞的浸润模式分析

2021-01-27陶弘武柳越冬林亚南许博佳罗瑞娟姜莎莎

中国免疫学杂志 2020年24期

李 娜 陶弘武 柳越冬 林亚南 许博佳 罗瑞娟 王 磊 姜莎莎

(辽宁中医药大学,沈阳 110032)

溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种特发性复发性炎症性疾病,发病率较高。虽然UC的病因尚不清楚,但其特征表现为连续性肠道黏膜的炎症,从直肠开始,并可累及整个结肠。环境和生活方式与药物使用、高糖和高脂肪的饮食、污染、较高的社会经济地位、压力与UC有关,免疫反应在UC的全过程中起重要作用。免疫耐受的丧失导致各种免疫炎症因子的增加而诱发炎症。它们刺激抗原特异性效应物的增殖,从而触发适应性免疫系统,导致局部和全身炎症。UC的免疫应答和炎症途径表明,各种类型的细胞,包括抗原呈递细胞、T辅助细胞、调节性T细胞和自然杀伤T细胞,通过调控炎症在UC发病中发挥重要作用。本文利用GEO数据库中UC的微阵列测序, 并利用CIBERSORT[1]计算其免疫细胞组成, 进一步分析其与UC的相关性,并初步评估 UC中免疫细胞浸润情况,为进一步研究 UC 的分子机制提供了新思路。

1 材料与方法

1.1数据下载 数据采集本研究利用了GEO[2]数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)的数据。MeSH检索词为“colitis,ulcerative”或“Ulcerative colitis”和“Homo sapiens”和“Expression profiling by array”和“tissue”,GSE11223微阵列测序数据集[3],样本通过Agilent-012391全人类基因组Oligo微阵列测序,平台文件为GPL1708,包括了67例UC患者肠道不同解剖部位的上皮活检分析,病理结果分为炎症组织和非炎症组织,剔除非炎症组织。此外,该数据集还包含了31例正常对照组肠道不同解剖部位上皮组织样本,剔除其中8个病理报告为假膜性结肠炎、例憩室炎、阿米巴病等[3]炎症的组织样本。……

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