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高通量测序对自然流产胚胎染色体异常的分析

2020-09-09张攀孙艳美张萍萍马聪苗绘李亚丽

河北医药 2020年16期
关键词:整倍体核型高通量

张攀 孙艳美 张萍萍 马聪 苗绘 李亚丽

自然流产的临床发生率10%~15%,超过80%的自然流产发生在妊娠早期[1]。目前自然流产的发病机制尚不清楚,导致自然流产的因素包括遗传、内分泌、感染、解剖因素及母体自身免疫系统疾病等,其中遗传因素尤其是胚胎染色体异常是自然流产发生的主要原因,约占早期自然流产的50%[2]。研究发现70%的偶发性流产是由胚胎染色体异常引起的[3]。本研究通过高通量测序及传统G显带技术对自然流产组织物进行了细胞遗传学分析,探讨不同检测方法的优缺点,为临床遗传咨询提供参考。

1 资料与方法

1.1 一般资料 选择2016年9月至2017年3月于河北省人民医院生殖遗传科就诊的自然流产患者192例为研究对象,平均流产年龄(29.40±4.18)岁,终止妊娠平均孕龄(9.23±2.53)周。患者均经超声确认宫内妊娠,并提示胚胎停止发育,且排除外伤、感染、发热等因素所致,在充分实验告知并签署知情同意书的原则下,于无菌条件下采取胚胎绒毛组织,进行高通量测序或细胞遗传学G显带检测。

1.2 方法 经研究对象本人签署知情同意书后采集绒毛组织标本,收集刮宫后的绒毛组织,用0.9%氯化钠溶液充分洗涤绒毛组织至无明显血液残留,取新鲜标本送检或-80℃冰箱保存备用。

1.2.1 细胞遗传学G显带

1.2.1.1 试剂与仪器:主要试剂包括秋水仙素100 μg/ml(Sigma公司),主要仪器包括TGL-16G台式离心机(上海医用分析仪器厂)、恒温水浴箱(上海市医疗器械一厂)、恒温培养箱(NBS公司)、Leica全自动染色体分析系统(德国Leica公司)。

1.2.1.2 实验步骤:选取10 mg左右优质绒毛组织放入37℃的无菌加微量肝素0.9%氯化钠中冲洗2~3次,与预温37℃含秋水仙素浓度为0.1~0.4 μg/ml的1%枸橼酸钠5 ml充分混匀,并进行30 min低渗。低渗完成后加入1 ml甲醇:冰醋酸(3∶1),混匀5 min进行预固定,然后换新鲜固定液置室温固定30 min。弃去固定液,顺管壁加入60%冰醋酸1 ml,1~2 min后,由管底部缓缓加入甲醇3 ml,轻轻混匀,固定5 min时用滴管将绒毛挑出,再离心5 min去上清液。加入2~3滴新鲜固定液,轻轻混匀,以冰片进行滴片,然后立即于60℃烤箱内放置16~24 h或置于37℃下72 h,待其自然冷却后即可进行姬姆萨染色显带;显带完成后进行染色体核型分析:每张片子显微镜下计数20 个中期分裂相,分析2个细胞核型,记录染色体数目和结构畸变;如是嵌合型病例,每个细胞系至少分析2个细胞。

1.2.2 高通量测序

1.2.2.1 试剂与仪器:主要试剂包括Next DNA双链片段化酶(M0348S,NEB)、QIAamp DNA Blood Mini Kit 核酸提取试剂盒(51104,QIAGEN)、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T T13)检测试剂盒(320020-01,博奥生物)、QubitTMdsDNA HS Assay Kit(Q32851,Thermo fisher)。主要仪器包括PCR仪(Veriti,ABI)、Thermomixer(Thermomixer comfort,Eppendorf)、低温离心机(5804R,Eppendorf)、低温高速离心机(5424R,Eppendorf)、荧光定量PCR仪(Stepone plus,ABI)、测序仪(BES4000,博奥生物)、Nanodrop分光光度仪(Nanodrop one,Thermo fisher)、浓度测定仪(Qubit 3.0,Thermo fisher)。

1.2.2.2 实验步骤:取胎儿绒毛组织100 mg,用PBS或0.9%氯化钠溶液清洗3~5次,通过QIAamp DNA Blood Mini Kit核酸提取试剂盒提取全基因组DNA,并对提取的样品进行质控检测,应用Qbuit、Nanodrop one对DNA质量进行检测,确保DNA浓度不低于30 ng/μl,260/280值在1.8~2.0,没有蛋白、多糖和RNA污染,没有降解。采用酶切法,将样品DNA酶切成100~200 bp大小的片段。使末端修复酶将片段化后形成的粘性末端DNA修复成平末端,然后用磁珠法纯化产物。使用DNA连接酶给末端修复后DNA两端加上P1接头和特异标签,然后用磁珠法纯化产物。通过PCR技术(10个循坏)扩增两端带有接头和标签的DNA片段;上述步骤反应后的DNA使用磁珠法纯化产物。使用QPCR检测文库浓度,确保浓度>5 nmol/L。构建好的文库经QPCR检测合格后,将一定量的文库按照等物质的量混合,然后在BES4000上测序。数据分析:基于拷贝数变异的检测方法,引入GC校正和LOSS校正,用博奥自主开发的比对软件,将每个读长的测序碱基与人类基因组参考序列(hg19)进行比对,对比对上的读长数据进行染色体异常分析。

1.3 分组 对检测成功的146例进行分组。(1)根据年龄分为20~24岁,25~29岁,30~34岁,35~39岁,≥40岁5个亚组。(2)根据根据自然流产次数:自然流产1次66例,自然流产2次46例,自然流产≥3次34例。(3)根据自然流产孕周分为:<8周16例,8~11+6周106例,≥12周15例,另有缺失8例。

2 结果

2.1 绒毛染色体G显带及染色体核型分析 共收集192例自然流产患者的胚胎组织,61例进行绒毛染色体G显带,检测成功15例,成功率为24.6%,在培养成功中发现异常核型8例(53.3%),其中染色体非整倍体4例(47,XN,+22,47,XN,+2,47,XN,+7,47,XN,+9),46,XN,+mar 1例,三倍体2例,四倍体1例。

2.2 高通量测序检测结果 应用高通量测序测序131例,所有样本检测成功,检测成功率为100%,显著高于绒毛染色体G显带技术(χ2=129.912,P<0.05)。发现异常核型57例(43.5%),其中非整倍体50例,单体11例,三体39例,单体主要为45,X,此外还有21单体1例。最常见的非整倍体异常核型为16-三体13例(22.8%),45,X 10例(17.5%)。在57例染色体异常核型中,结构异常7例,平均流产孕周为(9.87±1.79)周,且主要集中在4号、8号染色体的微缺失、微重复,其中病例1所示结果为重复、缺失嵌合型,为非已知致病变异,其他6例均涉及到已知的致病基因,该序列缺失或重复可以引起生长迟缓、智力低下、结构异常等。见表1。

表1 7例染色体结构异常核型

2.3 2种检测技术比较及异常染色体核型分析 综合两种技术方法192例自然流产患者中146例流产组织染色体核型检测成功,其中胚胎染色体核型异常率占44.5%(65/146),染色体数目异常占89.2%(58/65)。其中,非整倍体55例,单体11例,三体44例,多倍体3例,双重三体2例,嵌合体5例,结构异常8例。最常见的非整倍体异常核型为16-三体20%(13/65),45,X约占15.4%(10/65)。见表2。

表2 146例自然流产染色体异常核型分析

2.4 孕妇年龄、自然流产次数、自然流产孕周与染色体异常 146例自然流产孕妇中,根据年龄分为5个亚组,年龄≥40岁组的染色体异常核型发生率最高,年龄25~29岁组的染色体异常核型率最低;根据流产次数分为3个亚组,3组染色体异常率均>40%,自然流产2次的异常核型比率最高为47.8%;根据流产孕周分为3个亚组,流产孕周<8周的染色体异常核型发生率为12.5%明显低于其他2组。见表3。

表3 各因素与异常染色体核型发生率比较

3 讨论

自然流产是一种妊娠期最常见的并发症,且其患病率呈逐年上升的趋势。染色体异常是自然流产的主要原因之一,研究认为自然流产的胚胎组织中染色体核型异常者约占50%[5]。绒毛细胞和胚胎组织均是由受精卵有丝分裂产生,携带的遗传信息相同,因此可以作为标本检查了解胚胎染色体的情况,查找自然流产的病因,为临床诊疗工作提供依据。

本实验中检测绒毛染色体的方法采用的是绒毛染色体细胞培养G显带分析及高通量测序技术。绒毛染色体细胞培养G显带核型分析的方法是对中期分裂相进行数目或结构异常的判断,可以准确检出自然流产物或胎儿染色体结构和数目的异常,是检测自然流产组织染色体核型异常或产前诊断的金标准。该方法技术稳定、质量可靠且费用低,提供了染色体改变的完整图,在临床应用较广泛。然而,该技术也存在不足之处即耗时长,成功率直接受制于绒毛组织的新鲜程度和绒毛的形态,且难以检出微小的染色体畸变(<5 Mb)。高通量测序,也称为下一代测序技术,可以对数十万到数百万个DNA分子进行并行测序,最小可以检测到10 kb的微小片段异常,并且其操作简单,不需要耗时的细胞培养,分析周期短,特异性及分辨率高,覆盖整个基因组。然而,缺点是成本高且不能发现染色体平衡易位、倒位、点突变及多倍体,因此不作为临床实践中的常规检测方法,而作为常规染色体核型分析的补充检测手段[6]。本研究中将192例自然流产患者的绒毛或胚胎组织,61例进行绒毛染色体G显带检测,检测成功率为24.6%。131例进行高通量测序检测,检测成功率达100%。绒毛染色体G显带的成功率明显低于高通量测序检测,二者之间差异有统计学意义(P<0.05)。绒毛染色体G显带检测失败的标本,可能由于胚胎停育时间长,组织不新鲜,形态差导致细胞未见分裂相,贴壁细胞生长,单细胞状态差,绒毛组织已老化。因此,高通量测序测序检测与绒毛染色体G显带检测相比更有优越性,操作简单,且检测不易受细胞组织新鲜度的影响,临床工作应用中二者可相结合。

胚胎染色体异常中以染色体数目异常最常见,多以染色体非整倍体为主[7],其中16-三体综合征和45,X最为常见,其次是2,13,15,18,21,22号染色体三体。本组资料中染色体异常核型率为44.5%,染色体数目异常约占染色体异常的89.2%,且以非整倍体为主,其中前几位的非整倍体异常核型为16-三体约占20.0%,45,X约占15.4%,22-三体约占7.4%,2-三体约占7.4%,15-三体约占5.6%基本与既往的研究结果相符,常染色体三体是染色体异常的主要核型[8]。姐妹染色单体减数分裂不分离和过早分离,是导致胎儿非整倍体精子和卵子发生的主要机制[9]。16号染色体是亚端着丝粒染色体,22号、15号为端着丝粒染色体。着丝粒的位置与纺锤丝结合位点有关,可对姐妹染色单体的会聚与分离产生影响。端着丝粒染色体、亚端着丝粒染色体更易发生非整倍体。本组结果中21-三体核型为2例,发生率较低,由于此种核型的胎儿多可出生并长期生存,故在自然流产中发现的较少。此外有研究认为自然流产中最常见的16-三体、21-三体、22-三体综合征是与孕妇年龄密切相关的,具体机制不详,可能是由于随着年龄的增长,卵泡刺激素水平升高,卵巢储备功能下降,卵子老化,纺锤体聚合检验点蛋白的表达下降,导致纺锤体功能异常,当卵母细胞减数分裂时更易于形成非整倍体[10]。高龄孕妇体内的卵子在卵巢内储存的时间较长,受到外界长期的危害,产生积累效应可致染色体畸变及基因突变,受精后更容易出现染色体数目及结构的异常。本组数据所得年龄≥40岁的染色体异常率最高,25~29岁染色体异常率最低,因例数较少,未行统计学分析。本组数据所得三倍体分别为69,XXY、69,XXX,研究发现约70%的胚胎染色体三倍体是母系起源的,相反,性染色体非整倍体异常更多是父系起源的(50%的47,XXY,100%的47,XYY和70%~80% 的45,X)[11]。

本组数据所得在异常核型中非整倍体发生率为84.6%,远高于其他因素,表明非整倍体是导致自然流产的重要原因。然而,文献报道染色体微结构的基因拷贝数变异是自然流产的重要原因[12]。本研究中共有7例存在染色体微缺失、微重复,约占异常核型的10.8%,其中微缺失占71.4.%,微重复占85.7%,微重复率明显高于微缺失,提示染色体的微重复比微缺失可能更容易影响胚胎发育,导致自然流产。理论上人类染色体每个片段上都带有一定的遗传基因,如果存在缺失或重复,都有相对应的疾病,但是由于目前的技术水平限制,这些缺失及重复片段的致病性,目前没有完全明确。在本研究中,6例病例中微缺失、微重复的片段均存在已知致病变异,且染色体的结构异常主要存在于4号及8号染色体的微缺失、微重复。据文献报道,4号染色体的微缺失、微重复主要表现为骨骼、心血管等多发性畸形,且多伴有生长迟缓、智力低下、代谢紊乱,而畸形程度取决于缺失、重复片段的长度。8号染色体的微缺失、微重复主要表现为精神发育迟滞,颅面部、眼、心脏及骨骼的畸形,胎儿期多存在宫内发育迟缓及羊水过少等症状[13]。其余6、7、11、12、15号染色体上的微缺失及微重复基本上也集中表现在生长发育迟缓、多部位先天性畸形。

有文献报道,流产发生的越早,胚胎染色体异常的发生率越高[14]。在不同的研究中,自然流产异常核型的发生率在妊娠12周之前为50%~60%[15]。这一比率根据孕妇的年龄而变化,孕妇年龄<35岁的约为35%,而孕妇年龄≥35岁的约为80%[16]。本组数据12周之前自然流产异常核型发生率为42.3%,略低于文献报道,究其原因可能是研究对象的平均流产年龄为(29.40±4.18)周,低于35周岁。有研究报道,自然流产主要集中在8~12周,本研究中数据所得胚胎染色体异常发生在8~12周者占82.0%(50/61),且流产孕周<8周的异常核型率最低,与既往的研究数据基本相符。

随着流产次数的增加,胚胎染色体异常的可能性却随之降低,然而却又报道认为,染色体异常率与流产次数无明显相关性,可能与外界的物理、化学因素及生殖器官的畸形相关[17]。本组数据所得自然流产2次的异常核型率较其他组稍高,但由于本研究数据量较小,未能明确其相关性,仍需扩大样本量明确两者之间关系,提前评估再次妊娠的流产风险。

综上所述,胚胎染色体异常是自然流产的主要原因,且以非整倍体异常为主,染色体的结构异常主要为4号染色体、8号染色体的微缺失、微重复。本研究通过对传统的细胞遗传学G显带、高通量测序技术对比研究,发现高通量测序技术检测成功率明显高于绒毛染色体G显带,且更适用于胚胎组织,更能快速、有效检出染色体的微缺失、微重复,是对传统的细胞遗传学G显带的一个有效补充,可以明显降低漏诊率,但由于高通量测序技术价格昂贵,建议临床医生在工作中科学地选择两种检测技术,合理结合有效指导临床。

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