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基于生物信息学分析P-Rex1在胃癌组织中的表达及临床意义①

2020-05-21夏伶俐江汉大学附属医院武汉市第六医院消化内科武汉430015

中国免疫学杂志 2020年8期
关键词:胃癌数据库分析

张 刚 杜 娟 刘 敏 余 琼 夏伶俐 (江汉大学附属医院武汉市第六医院消化内科,武汉 430015)

胃癌是最常见的消化道肿瘤之一,其具有恶性程度高、转移性高等特点,近年来,胃癌发病率持续升高,与食品安全、毒物暴露和不良生活习惯等存在密切的联系[1]。目前胃癌的治疗手段相对较少,同时由于胃癌的早期诊断不完善,因此胃癌患者大多发现于中晚期,因此治疗效果不理想,5年生存期相对较低,患者生活品质显著下降[2,3]。因此探索新的与胃癌发生发展密切相关的基因,对于开发新的胃癌靶向药物具有非常大的意义。

3,4,5-三磷酸肌醇依赖的Rac交换因子1(phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1,P-Rex1)最初在中性粒细胞中被发现并分离纯化出来,可以调节Rac的活性,在细胞增殖、骨架结构、细胞间交互作用中发挥重要的功能[4]。Dillon等[5]发现P-Rex1能够通过激活AKT/ERK信号通路促进乳腺癌的发展。P-Rex1被报道能够通过影响成黑色素纤维细胞的迁移参与黑色素瘤的转移过程[6]。也有一些研究表明P-Rex1能够通过活化Rac1促进前列腺癌的疾病进程[7]。然而在胃癌中关于P-Rex1的功能未见相关的报道。本研究从胃癌肿瘤标本出发,分析P-Rex1在胃癌中的表达,结合临床病理特征分析P-Rex1与预后的关系,并利用生物信息学的方法分析P-Rex1在胃癌中可能的信号调节网络。

1 资料与方法

1.1Oncomine数据库分析 Oncomine数据平台提供了多种肿瘤基因芯片数据(https://www.oncomine.org),覆盖了七百多个独立数据库和高质量的专业数据分析方法。数据分析时,analysis type 设置为cancer vs.normal,dataset type选择TCGA datasets,cancer type选择gastric cancer,调取P-Rex1基因的mRNA表达数据。

1.2UALCAN数据库分析 采用UALCAN数据库中TCGA胃癌数据,根据不同的Tumor stage和Tumor grade,分析P-Rex1基因在不同胃癌分期中的表达变化。……

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