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原发性干燥综合征差异基因及潜在治疗药物的生物信息分析

2020-05-21徐华,陈佳

临床荟萃 2020年6期
关键词:途径数据库信号

徐 华, 陈 佳

(盘锦辽油宝石花医院 a.检验科; b.全科医学科, 辽宁 盘锦 124010)

原发性干燥综合征(pSS)是一种常见的系统性自身免疫性疾病,影响着全世界约3 500万人[1]。在我国的发病率约为0.77%,男女比约为1∶9[2]。除引起外分泌腺、肾、关节和血液等器官、系统损害外,还增加了淋巴瘤的患病风险[3-5]。但pSS初期症状轻微,加之缺乏敏感、特异的检测指标,常被人们忽视,目前亦无特效治疗药物。因此,寻找能够早期特异诊断pSS的标志物具有重要意义。近年来,随着分子生物学的发展,对pSS进行了许多研究,并发现了许多有益于诊断和治疗生物标志物,但各研究间尚存较大差异,其具体发病机制仍未阐明。本研究为避免单一研究所引起的假阳性问题,通过对基因表达综合系统(GEO)3个基因芯片数据进行分析,获得pSS组织与对照组织之间的差异基因,分析与pSS相关基因和信号通路,探讨pSS可能的发生机制,并利用pSS相关基因筛选潜在治疗药物,为pSS的的进一步研究提供线索。

1 材料与方法

1.1GEO数据集获取 基因表达综合系统(GEO)下载GSE7451[6]、GSE40611[7]、GSE127952 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE127952) 3个原发性干燥综合征基因表达数据作为分析数据集,同时下载GSE84844[8]做为hub基因验证训练数据集(见表1)。所有的数据都可以在网上免费获取,这项研究不涉及任何作者对人类或动物进行的实验。

1.2差异基因筛选 利用GEO2R在线分析工具(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/GEO2R/)分析pSS与非pSS样本间的差异基因。移除没有对应基因的探针,当有多个探针对应同一个基因时,取最大表达值探针来作为基因的表达量。并以P<0.05且差异倍数|logFC|≥1.0作为差异基因的筛选条件。最后,使用韦恩图web工具(bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)取3个数据集差异基因的交集作为pSS的差异基因。

1.3差异基因分析与hub基因筛选 使用Metascape[9]数据库对所得差异基因进行GO和KEGG功能富集分析。……

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