孙晶京

（山西农业大学 文理学院，山西 太谷 030801）

蛋白质是生物大分子，可以与其他各种分子相互作用，如DNA、RNA、小的配体和其他蛋白质。这些相互作用是促进细胞中大多数生物学过程的主力，包括基因表达，细胞生长、增殖，营养吸收，形态，运动性，细胞间通讯以及细胞凋亡。在分子水平上了解这些相互作用对于开发新的治疗方案，注释蛋白质功能，研究疾病的分子机制以及描述蛋白质相互作用网络非常重要。因此蛋白质的相互作用 （PPI）预测得到了研究人员的广泛关注，并提出了很多方法，包括物理化学实验方法和计算方法。物理化学实验技术可以识别蛋白质之间的物理化学相互作用，进而可以预测蛋白质之间的功能关系。这些技术包括基于酵母双杂交的方法、免疫共沉淀、串联亲和纯化、蛋白质芯片和混合方法等。尽管这些技术已经成功地鉴定了几种物种的几种重要的相互作用蛋白，如酵母和拟南芥等，但是，实验方法在检测PPI方面存在费时费力、检测效率低、难以识别弱相互作用等缺点。因此，人们开始寻求一些新的计算方法来验证实验结果并加速对未知蛋白质相互作用的预测。

1 计算方法

近年来，已提出许多用于预测蛋白质相互作用的计算方法。这些方法可以分为两类：基于结构的预测和基于序列的预测。基于结构的预测方法受到由实验确定的蛋白质结构相对较少的约束，相反，基于序列的预测方法只需要蛋白质序列即可预测蛋白质相互作用。……