TARGET数据库的介绍及数据提取
2019-05-21吕敏田国祥郭晓娟李豹张军吕军
吕敏,田国祥,郭晓娟,李豹,张军,吕军,5
近年来随着医学水平的不断发展,儿童肿瘤整体预后已有大幅度的提升,但是儿童恶性肿瘤依然是儿童期死亡的主要原因。纵观人类遗传学的发展,不断有新兴技术被运用于疾病病因的研究中[1]。根据美国癌症协会(ACS)2015年发布的《全球癌症事实与数据(第三版)》以及全国肿瘤防治研究办公室、全国肿瘤登记中心发布的数据显示,2012年全球有16.33万儿童发生肿瘤,8万例儿童因肿瘤死亡;84.0%的肿瘤患儿居住在发展中国家[2]。TARGET(Therapeutically Applicable Research To Generate Effective Treatments)数据库是采用多组学方法来确定驱动儿童癌症发生和发展的分子变化。
TARGET数据库网址:https://ocg.cancer.gov/programs/target ,打开如图1所示,左侧标目为TARGET的全部内容,包括Overview、Research、Collaborators、Publications、Resources、Projects、Using TARGET Data及TARGET Publication Guidelines,点开每项即可查阅详细内容。

图1 TARGET页面
1 TARGET介绍
TARGET数据库针对儿童肿瘤,主要疾病项目包括ALL(Acute Lymphoblastic Leukemia),AML(Acute Myeloid Leukemia),KT(Kidney Tumors),MDLS(Model Systems),NBL(Neuroblastoma),OS(Osteosarcoma)。TARGET计划的目标是使用数据来指导有效,毒性较小的疗法的开发并通过测序和芯片技术对儿童癌症的基因组、转录组和表观遗传进行测定并且为每种癌症生成对应的特定的分子变化图谱并加以计算,进而验证其生物学功能,确定促进癌症生成的功能通路即是由某种基因的破坏改变而引起的,进一步从这些变化中对治疗靶点及其预后标志物进行识别,以达到更好的治疗目的。点击DATA ACCESS下拉菜单中的ACCESS TARGET DATA MATRIX选项,如图2所示即可进入TARGET DATA的页面。

图2 TARGET DATA界面
2 TARGET项目
TARGRT目前包括5个项目,内容分别是Acute lymphoblastic leukemia(ALL)、Acute myeloid l eukemia(AML)、Kidney Tumors(KT)、Neuroblastoma(NBL)以及Osteosarcoma(OS),并由NCI’s Office of Cancer Genomics和Cancer Therapy Evaluation Program管理。下面分别介绍TARGET五个项目内容,并以ALL(Acute Lymphoblastic Leukemia)为例介绍每个项目具体查看方法(图3)。
2.1 ALL项目ALL(Acute Lymphoblastic Leukemia)即急性淋巴细胞白血病,急性淋巴细胞性白血病是儿童白血病中的主要类型之一,占75%~80%,是儿童恶性肿瘤中发病率最高的疾病[3]。……
