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无创性免核酸提取的多重SNP基因分型技术

2018-11-14赵亚玲

基础医学与临床 2018年11期
关键词:检测方法

赵 烨,赵亚玲,周 军,郑 直

(中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院 生物化学与分子生物学系, 北京 100005)

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)被认为是疾病易感性和药物反应的决定因素[1],约有105个SNP分子标记被用于基因功能及疾病相关性研究[2]。此类研究需要简单而低成本的方法来获得大规模的核酸。当前的样品类型多源于血液,需要提取核酸。血液采集需要专业人员及特殊器材,还可能引起一些潜在的病源传播。大量核酸提取费时费力,成本高不易开展。目前在大规模SNP基因分型上仍无一种可用于无创性样品的高效简便的核酸获取方式。故建立一种无创性且免核酸提取的多重SNP基因分型技术具有很大的应用价值。

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase, G6PD)缺乏症的实质是G6PD发生单碱基错义突变导致的酶活性降低[3]。疟疾流行国家G6PD 缺乏症发病率高达8%[4],而抗疟药伯氨喹啉(primaquine)可诱发G6PD 缺乏症患者发生溶血[5]。进行G6PD突变型筛查可为伯氨喹啉的使用提供预先风险评估。本研究将以G6PD SNP检测作为应用对象,建立适用于无创性样品免核酸提取的多重SNP基因分型技术。

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 样品:包括来自健康受试者的的血液,唾液及口腔拭子,及来自中缅边境7例间日疟口腔拭子样品。所有样品均获得伦理委员会审批及受试者知情同意。

1.1.2 主要试剂:唾液及口腔拭子DNA提取试剂盒、血液DNA提取试剂盒、蛋白酶K, T4 DNA ligase(北京康为世纪生物科技有限公司);Spectro CHIP芯片和树脂试剂盒、iPLEX Gold试剂盒(Agena Bioscienc公司);T4多聚核苷酸激酶、T4 DNA polymerase、dNTP(New England Biolabs,NEB公司);……

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