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鳜不同孵化时期miRNA转录组分析及生长相关miRNA鉴定

2018-09-08赵岩曹晓颖周昊天宋凌元涂翰卿黄思颖赵金良

生物技术通报 2018年8期
关键词:差异研究

赵岩 曹晓颖 周昊天 宋凌元 涂翰卿 黄思颖 赵金良

(1. 上海海洋大学农业部淡水产种质资源重点实验室,上海 201306;2. 上海海洋大学水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心,上海201306;3. 上海海洋大学水产科学国家级实验教示范中心,上海 201306)

鳜(Siniperca chuatsi)属硬骨鱼纲、鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranidae)、鳜属(Siniperca),俗称季花鱼、桂花鱼,其肉质细嫩、营养丰富、没有小刺,是我国传统淡水名贵经济鱼类。自20世纪80年代以来,鳜人工繁殖技术的突破推动了其养殖业的发展。目前鳜产业年产值超200亿元,但在养殖过程中也存在品种退化、病害频发等问题,鳜良种选育仍然是提高其产量和品质的首要途径。

成熟的microRNA(miRNA)是一类20-24 nt的非编码小分子RNA,其在进化和功能上均具有保守性[1]。通常,miRNA与靶基因mRNA的3′端非编码区(3′-untranslated region,3′-UTR)不完全互补配对结合,引起靶基因mRNA的降解,从而负调控靶基因的表达,即在转录后水平上影响表型[2]。miRNA的发现和技术的成熟,丰富了人们对蛋白质合成控制的认识,补充了在RNA水平对靶mRNA进行更有效调节的机制,展现了细胞内基因表达调控全方位、多层次的信号网络系统。

miRNA的研究对象遍及动物、植物和微生物,且miRNA几乎参与从生物胚胎发育到死亡的生命阶段所有的生物过程[3]。miRNA在水产动物(鱼、虾、蟹、贝)中也有研究报道,如miR-430在斑马鱼胚胎发育阶段的表达和功能[4]。有关鳜miRNA的研究起步较晚,数量也较少,可分为miRNA转录组和单个miRNA两类研究。迄今为止,通过高通量测序研究鳜miRNA转录组的报道有3篇:第一篇见于2013年,该研究以翘嘴鳜红肌(慢肌)与白肌(快肌)为研究对象,发现了186个保守和3个新miRNAs,在两种肌肉纤维中存在60个显著差异表达miRNA[5];……

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