肺癌中SOX4基因的调控网络分析验证和蛋白质预测

2018-08-29李明阳马春霞吴翰欣吴小海俞建昆

生物技术通讯 2018年4期

关键词：肺癌

李明阳，马春霞，吴翰欣，吴小海，俞建昆

1.中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所中心实验室，云南昆明 650118；

2.昆明医学大学附属第二医院，云南昆明 650118

SOX（SRY-related HMG-box）家族作为一类转录因子，参与调控胚胎的发育和分化，也参与胚胎发育中的性别决定、神经系统形成和血管系统发育等过程。该家族成员含有一段高度保守的HMG-Box序列，具有DNA结合蛋白的特性。近年来随着高通量测序技术及基因芯片技术的发展[1-3]，在多种恶性肿瘤中发现该家族的重要成员之一SOX4表达异常。目前已有相关报道证明SOX4基因与肺癌相关，对肺癌的诊断、治疗、疗效及预后评估等均有重要意义[4-5]。该基因在肺癌中受到的调控机制尚未完全明晰。因此，我们利用生物信息学方法对SOX4基因可能存在的调控机制进行了预测，为进一步证明该基因与肺癌的关系奠定理论基础。

1 材料与方法

1.1 材料

自NCBI的GenBank数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）检索并下载人类（HOMO）SOX4基因全长序列及编码蛋白的氨基酸序列（HOMO ID：6659，NC_000006.12），保存为FASTA格式以便进行后续分析。

1.2 生物信息学预测

用 Protparam（http://web.expasy.org/protparam/）、SWISS-MODEL（https://swissmodel.expasy.org/）和SMART（http://smart.embl-heidelberg.de/）工具分析SOX4基因的蛋白产物；用在线分析软件GCBI（https://www.gcbi.com.cn/）分析SOX4基因的调控网络。

1.3 实时荧光定量PCR

利用特异性茎环引物对目标微小RNA（microRNA，miRNA）进行反转录，引物见表1。检测仪器为Roche Light Cycle 480Ⅱ，试剂为HiScriptⅡ1st Strand cDNA Synthesis kit和ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix。细胞系样品为正常人胚肺成纤维细胞（KMB17）和肺癌细胞系（A549和H1299），临床样本为20对肺癌病人癌组织与癌旁组织（昆明医科大学肿瘤医院提供）。