2016年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区序列的分析比较
2018-08-07孙新颖刘庆慧万晓媛
蔡 苗,孙新颖,刘庆慧,万晓媛,黄 倢
(1.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,农业部海水养殖病害防治重点实验室,青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东青岛 266071;2.水产科学国家级实验教学示范中心,上海海洋大学,上海 201306;3.济南大学前沿交叉科学研究院,济南 250022)
对虾养殖作为水产品养殖行业中的重要的组成部分,其发展面临着水质、气候以及滥用药物等一系列问题的威胁,但最主要的还是病害问题,近年来这一问题也呈现出日益严重的趋势[1-3]。白斑综合征病毒 (white spot syndrome virus,WSSV)是对虾养殖行业中存在的主要病原之一,自从20世纪90年代首次爆发以来,引起了全球对虾养殖产业的广泛关注,同时也对全世界各地的对虾养殖业带来了巨大的经济损失[4]。白斑综合征病毒是一类无包涵体的具囊膜、一端有尾巴状结构、杆状的双链环状DNA病毒[2],大小约为300 kb,感染后在数天内死亡率可达100%[5]。2005年国际病毒分类委员会第7次报告提出把 WSSV归入到线形病毒科(Nimaviridae)白斑病毒属(Whispovirus),它是此新科中唯一的成员[6]。迄今为止,GenBank上共公布了7个WSSV基因全序列,研究最多的分别有中国大陆株(WSV-CN,KT995472)、中国台湾株(WSSV-TW,AF440570)和泰国株(WSSV-TH,AY753327),其中泰国株具有目前最大的基因组312 kb,被假定成为祖先株[7]。通过基因组全序列比对发现这3个毒株的基因组序列有约99%的核苷酸保持一致性,存在的主要的差异分别是:1)大片段序列插入/缺失;2)易于发生基因重组的变异区;……
