Hsa-miR-219-5p靶基因的预测及其生物信息学分析
2018-06-13刘润燕张运峰
屈 燕,刘润燕,黄 帅,高 晶,张运峰,胡 芬
(1. 华北理工大学 生命科学学院,河北 唐山 063000;2. 唐山师范学院 生命科学系,河北 唐山 063000)
miRNA在胚胎的发育、细胞的增殖和分化以及肿瘤的发生等许多生物学功能上都发挥着重要的作用[1-3]。目前,许多研究结果均已证实在肿瘤组织中miRNA的异常表达会导致其调节的靶基因表达异常,进而使miRNA有促进或抑制肿瘤发生的功能[3]。由于 miRNA是通过其靶基因来发挥功能的,所以找到miRNA调控的靶基因是对其生物学功能研究至关重要的一步。
hsa-miR-219-5p为内含子型miRNA,最新研究证实,miR-219参与了细胞增殖、分化和凋亡调控,并在肝癌[4-6]、脑胶质细胞瘤[7]、胃癌[8]和卵巢癌[9]等多种癌症中发挥着重要的生理功能。miR-219通过靶向 SALL4在脑胶质细胞瘤生长和转移中起抑制作用[7]。此外,miR-219-5p通过下调 Twist/Wnt/β-连环蛋白信号通路抑制卵巢癌细胞增殖、迁移和侵袭[9]。DNA异常甲基化是 microRNA异常表达的机制之一,在肝癌中miR-219上游1094bp区域CpG岛存在异常甲基化,miR-219在肝癌细胞株的表达下调,证实miR-219是潜在的抑癌基因[4]。还有研究发现,长时间上夜班的女性,miR-219启动子高甲基化,从而降低了miR-219的表达,导致免疫介导的抗肿瘤活性下调和乳腺癌风险增加[10]。本研究利用生物信息学的工具进行多重比较,寻找新的hsa-miR-219-5p调控靶基因,进行功能分析。
1 方法
1.1 miR-219-5p的成熟序列的获得及其物种进化分析
从 miRBase数据库①获得 10个物种的miR-219-5p的成熟序列。采用MEGA5.0软件分析miR-219-5p的物种间进化的保守性。
1.2 has-miR-219-5p的靶基因预测
采用TargetScan7.1和miRDB两大miRNA的靶基因预测中的生物软件对 hsa-miR-219-5p的靶基因进行了预测,获取两大软件预测到的靶基因的交集,再与 miRTarbase中已经证实的hsa-miR-219-5p的靶基因取并集,最终形成靶基因集合用于后续生物信息软件分析。……
