邱梦君，熊枝繁，何晓晓，毕柠瑞，汪朦朦，杨盛力

(1华中科技大学同济医学院附属梨园医院，武汉430077；2贵州医科大学附属医院；3华中科技大学同济医学院附属协和医院)

生物钟是生物在漫长进化过程中形成的稳定内在生物节律，在分子水平上由许多生物钟基因调控，如Per1、Per2、Per3、Cry1、Cry2、Timeless、CLOCK、BMAL1、NPAS2、NR1D1、NR1D2、DEC1和DEC2[1]。生物钟基因在分子水平上协调表达，通过机体新陈代谢来调节细胞和器官的生长、衰老[2]。肿瘤的发生是由于机体在基因水平上失去了对细胞生长正常的调控作用，从而导致细胞增殖紊乱。生物钟基因通过调控细胞增殖和凋亡，在肿瘤的发生、发展中发挥直接或间接作用[3]。2018年1～6月，本研究采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析生物钟基因在腹部恶性肿瘤组织与邻近正常组织中的表达差异，初步探讨生物钟基因在腹部恶性肿瘤中的潜在作用。

1 材料与方法

1.1 材料 从TCGA网站(https://cancergenome.nih.gov/)下载最新14个生物钟基因(Per1、Per2、Per3、Cry1、Cry2、Timeless、CLOCK、BMAL1、NPAS2、NR1D1、NR1D2、DEC1、DEC2和RORA)在6种腹部恶性肿瘤(胃癌、胰腺癌、肝癌、结肠癌、直肠癌和肾癌)组织中的RNA-Seq数据，包括371例份肝癌与50例份邻近正常组织，538例份肾癌与72例份邻近正常组织，478例份结肠癌与41例份邻近正常组织，166例份直肠癌与10例份邻近正常组织，375例份胃癌与32例份邻近正常组织，177例份胰腺癌与4例份邻近正常组织。

1.2 研究方法 用Bioconductor (http://www.bioconductor.org/)的edgeR去标准化RNA-Seq数据。恶性肿瘤组织和邻近正常组织均以标准化RNA-Seq数据表达量的平均值为基础，比平均值高的为高表达，比平均值低的为低表达。

1.3 统计学方法 采用SPSS23.0统计软件。生物钟基因在恶性肿瘤组织与邻近正常组织中的差异表达比较采用Pearson卡方检验。……