APP下载

N-端二硫键及芳香族氨基酸对木聚糖酶XynZF-2热稳定性的影响

2016-09-26李同彪周晨妍朱新术王燕

食品与发酵工业 2016年1期
关键词:芳香族二硫键杂合

李同彪,周晨妍,朱新术,王燕

(新乡医学院 生命科学技术学院,河南 新乡,453003)



N-端二硫键及芳香族氨基酸对木聚糖酶XynZF-2热稳定性的影响

李同彪,周晨妍*,朱新术,王燕

(新乡医学院 生命科学技术学院,河南 新乡,453003)

为提高GH11家族中温木聚糖酶XynZF-2的热稳定性,将其N-端替换成GH11家族的耐热性木聚糖酶EvXyn11的相应序列,并在该段序列引入芳香族氨基酸残基(P9Y、H14F),构建杂合木聚糖酶基因xynEV-34,将木聚糖酶基因xynZF-2和xynEV-34分别在E.coliBL21中表达,并分析温度和pH对酶活性的影响。结果表明,杂合木聚糖酶XynEV-34的最适温度为48 ℃,相比原酶XynZF-2提高了8 ℃。在40 ℃保温1 h,原酶XynZF-2残余酶活性下降到44.36%,而突变酶Xyn34残余酶活性为77.96%。在45 ℃,突变酶XynEV-34的半衰期t1/245℃为23 min,较重组酶XynZF-2(t1/245℃=7 min)提高了16 min。同时,两种酶的最适pH均为5.0,但pH稳定性由原来的4.4~9.0扩增到了3.0~9.0。由此表明,二硫键以及芳香族氨基酸的引入,对该酶的热稳定性以及pH稳定性都有明显改善。

木聚糖酶;二硫键;芳香族氨基酸;热稳定性

木聚糖是由木糖、阿拉伯半乳聚糖以及葡甘聚糖等组成的含量丰富的细胞壁多糖,是半纤维素的主要成分,其主链是由β-1,4糖苷键连接的D-木糖残基组成[1]。木聚糖酶(EC 3.2.1.8)是一种糖苷类水解酶,可以随机内切木聚糖的β-1,4糖苷键产生还原性的低聚木糖[2]。目前,已经发现木聚糖酶在糖苷类水解酶5、7、8、10、11和43等家族分布广泛,根据结构、理化特性以及催化模式的不同,主要分为F10和GH11家族[3]。F10家族的木聚糖酶蛋白结构呈桶状型[4],而GH11家族的木聚糖酶呈右手半握状[3]。

木聚糖酶可以提高半纤维素原料的工业利用率以及饲料利用率,同时,可以用于纸浆漂白、食品加工、纺织、生物燃料等多个领域[5]。然而,随着木聚糖酶工业用途的不断拓展,其工业适用性越来越受到低热稳定性的限制[6]。因此,改善木聚糖酶的热稳定性已成为广泛研究的焦点。表面带电残基、盐桥、氢键、芳香族氨基酸、N-端和α-螺旋处二硫键的引入可以增加木聚糖酶局部结构的稳定性,从而可以有效改善木聚糖酶的热稳定性[7]。如WANG等利用Swiss-PdbViewer分析来源于T.lanuginosusDSM10635的木聚糖酶TLX,在N-端引入一个二硫键(Q1C-Q24C),在大肠杆菌BL21中基因表达发现,二硫键突变酶最适温度提高了10 ℃,在pH 8.0和70 ℃条件下,二硫键突变酶的半衰期提高了20倍。通过圆二色谱测定解链温度发现,解链温度从66 ℃增加到了74 ℃。因此,N-端二硫键的引入使得动力学和热力学稳定性大幅度提高[8]。

木聚糖酶基因xynZF-2是由本实验室从黑曲霉(Aspergillusniger)XZ-3S中分离获得,该酶属于中温木聚糖酶,最适温度为40 ℃,高温条件下热稳定性较差难以满足工业要求[9]。本研究利用生物信息学比对木聚糖酶XynZF-2基因序列(GenBank Accession No.JQ700382)与耐热木聚糖酶EvXyn11基因序列(GenBank Accession No.EU591347)的同源性,通过N-端替换引入二硫键,并在替换的N-端区域引入芳香族基酸,增加芳香族氨基酸含量以期望提高木聚糖酶XynZF-2热稳定性。

1 材料与方法

1.1材料

EscherichiacoliBL21(DE3)、pET-28a均购自Novagen公司,重组质粒pET-28a-xynZF-2由本实验室构建在E.coliBL21上并保存;TaqDNA聚合酶、DL1000 DNA Marker、限制性内切酶、T4DNA Ligase、X-gal、IPTG及购自TaKaRa公司;DNA片段回收试剂盒和质粒提取试剂盒购自Sangon公司;蛋白分子量标准购自碧云天生物技术有限公司;桦木木聚糖购自Sigma公司;其他试剂为国产或进口分析纯。

1.2木聚糖酶初级结构比对分析以及三维建模

通过The ProtParam program (http://web.expasy.org/protparam/) 分析木聚糖酶的理化性质[10],BLAST和DNAMAN6.0同源序列比对与木聚糖酶XynZF-2同源性较高的耐热木聚糖酶基因,PROSITE (http://prosite.expasy.org)预测木聚糖酶功能位点,利用Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index)对木聚糖酶XynZF-2建模,同时,并通过DS ViewerPro6.0分析木聚糖酶的三维结构。

1.3N-端替换区域基因合成

将XynZF-2的N-端48个氨基酸替换成EvXyn11 N-端相应的34个氨基酸,以EvXyn11 N-端的34个氨基酸为模板,与来源于褐色高温单孢菌(Thermomonosporafusca)的耐热木聚糖酶TfxA的N-端区域比对,在EvXyn11 N-端的34个氨基酸中引入芳香族氨基酸,依据大肠杆菌密码子偏爱性,设计重组的EvXyn11 N-端的34个氨基酸基因序列Ev34,根据Ev34和xynZF-2基因序列设计引物(表1),并由金唯智生物科技有限公司合成。

表1 引物序列

注:下划线为酶切位点。

1.4突变基因的扩增与重组载体的构建

以pET-28a-xynZF-2为模板,采用重叠延伸PCR法扩增突变基因xynEV-34,反应条件见参考文献[9],双酶切突变基因xynEV-34和质粒pET-28a,T4DNA Ligase连接双酶切产物,16 ℃过夜,构建表达载体pET-28a-xynEV-34,转化E.coliBL21(DE3),经含有Kan抗性的平板筛选出单克隆菌落,提取重组质粒pET-28a-xynEV-34,经双酶切验证后,送金唯智生物科技有限公司测序。

1.5重组木聚糖酶的诱导表达与纯化

突变基因测序后,重组菌株BL21/pET-28a-xynZF-2和BL21/pET-28a-xynEV-34,经IPTG诱导表达,采用超声波细胞破碎等方法提取粗酶液[11]。利用镍金属螯合层析柱纯化含有His标签蛋白的重组木聚糖酶XynEV-34和XynZF-2,纯化后样品经SDS-PAGE蛋白电泳(15%分离胶和5%浓缩胶)检测[9]。

1.6木聚糖酶酶活性测定

采用DNS法测定木聚糖酶活性[9]。1.5 mL 0.5%桦木木聚糖溶液(pH 4.6)与1 mL适当稀释的酶液,40 ℃下反应15 min,加入2.5 mL DNS溶液,沸水浴7 min显色,冷却后加入5 mL蒸馏水,测定OD540值。在上述条件下,以每分钟产生1 μmol还原糖所需的酶量定义为1个单位(U)。

1.7酶学性质分析

通过最适温度、热稳定性、最适pH以及pH稳定性等酶学性质对比研究纯化后的原酶XynZF-2和突变酶XynEV-34,具体操作方法见参考文献[9]。

1.8统计学处理

每个实验进行3次重复,取其平均值,最终实验数据均用SPSS11.0软件进行处理,并绘制出相应的图形。

2 结果与分析

2.1重组木聚糖酶结构分析

BLAST比对木聚糖酶XynZF-2和EvXyn11氨基酸序列同源性为63%,且两者均属于GH11家族木聚糖酶。同时,对耐热性木聚糖酶EvXyn11三维同源建模发现,EvXyn11 N-端区域含有一个二硫键(Cys5-Cys32)。因此,以木聚糖酶XynZF-2为母本,将N-端的48个氨基酸替换成耐热性木聚糖酶EvXyn11相应的34个氨基酸。同时,木聚糖酶EvXyn11的N-端34个氨基酸与耐热木聚糖酶TfxA的N-端区域的氨基酸残基比对分析,如图1所示,EvXyn11与TfxA 的N-端芳香族氨基酸位点分布基本相同,为提高EvXyn11 N-端芳香族氨基酸含量,在第9、14位点引入芳香族氨基酸(P9Y、H14F),构建杂合木聚糖酶XynEV-34。以相似性最高,PDB号分别为1TE1(68%相似与XynZF-2)和2VUL(73%相似与XynEV-34)的木聚糖酶的3D结构为模板对XynZF-2和XynEV-34同源建模。建模结果表明,XynZF-2和XynEV-34模型与原序列相似度分别为91%和99%,置信度均为100%,符合建模要求。突变酶与原酶结构相似,都属于GH11家族,由一个简单的α-螺旋以及两个反向的β-折叠片层组成,呈右手半握状结构。然而,原酶XynZF-2活性中心位点(Glu103和Glu194)与突变酶(Glu89和Glu194)不一致,这是由于N-端替换导致氨基酸数量减少所致(图2、图3)。

图1 耐热木聚糖酶EvXyn11和TfxA 的N-端区域序列比对Fig.1 N-terminal amino acid alignment of EvXyn11 with TfxA(注:下划线为二硫键位点,箭头为突变位点,阴影部分为芳香族氨基酸)

图2 杂合木聚糖酶XynEV-34三维结构Fig.2 The 3D structure of the hybrid xylanase XynEV-34

图3 木聚糖酶XynZF-2三维结构Fig.3 The 3D structure of the xylanase XynZF-2

2.2杂合木聚糖酶基因的扩增与表达载体的构建

由金唯智合成的N端基因序列Ev34约112bp,构建在pUC57载体上。以pUC57-Ev34为模板,通过PCR扩增得到目的片段Ev34,如图4所示。利用重叠延伸PCR技术扩增杂合木聚糖酶基因xynEV-34,如图5所示,杂合木聚糖酶基因xynEV-34电泳条带明显低于原酶基因xynZF-2。双酶切(EcoRⅠ、HindⅢ)杂合基因xynEV-34和质粒pET-28a,构建重组表达载体pET-28a-xynEV-34,转化大肠杆菌BL21,基因测序结果显示杂合基因与预期结果一致。

M-DNA marker;1-Ev34的PCR产物图4 Ev34的PCR扩增Fig.4 PCR amplification of Ev34

M-DNA marker;1-xynZF-2的PCR产物;2-xynEV-34的PCR产物图5 xynZF-2和xynEV-34的PCR扩增Fig.5 PCR amplification of xynZF-2 and xynEV-34

2.3杂合木聚糖的表达与纯化

经IPTG诱导的重组菌株BL21/pET-28a-xynZF-2和BL21/pET-28a-xynEV-34,通过超声波破碎,高速离心得到粗酶液,并通过镍金属螯合层析柱纯化粗酶液,SDS-PAGE电泳检测如图6所示。另外,通过The ProtParam program (http://web.expasy.org/protparam/) 分析计算重组酶XynZF-2和XynEV-34的分子质量发现,突变酶XynEV-34分子质量相对原酶XynZF-2(32 kDa),仅仅减少了1 kDa左右。因此,图6显示的纯化后两种木聚糖酶条带相差不明显。

M-蛋白质Marker;1-纯化后的XynZF-2;2-纯化后的XynEV-34图6 重组木聚糖酶XynZF-2 and XynEV-34的SDS-PAGE分析Fig.6 SDS-PAGE analysis of the recombinant xylanase XynZF-2 and XynEV-34

2.4酶学性质分析

2.4.1重组木聚糖酶最适温度以及热稳定性的分析

对纯化后的重组木聚糖酶酶学性质分析发现,如图7所示,突变酶XynEV-34最适温度为48 ℃,相比原酶XynZF-2的40 ℃,最适温度提高了8 ℃。温度对重组木聚糖酶热稳定性的影响如图8所示,原酶XynZF-2热稳定性较差,在40 ℃条件下保温60 min,残余酶活性下降到44.36%,而突变酶XynEV-34保温60 min,残余酶活性为77.96%。由此可见,40 ℃条件下,突变酶XynEV-34热稳定性明显提高。在45 ℃条件下,原酶XynZF-2与突变酶XynEV-34分别保温60 min,如图8所示,原酶XynZF-2的半衰期t1/245℃为7 min,突变酶XynEV-34的t1/245℃半衰期为23 min,提高了16 min;保温20 min后,原酶XynZF-2基本丧失酶活性,而突变酶XynEV-34残余酶活性仍高达57.92%。通过N-端替换引入的二硫键和芳香族氨基酸使木聚糖酶XynZF-2的热稳定性明显改善。

图7 重组木聚糖酶酶最适温度比较Fig.7 Comparison of the optimum temperature of the recombinant xylanases

图8 重组木聚糖酶XynEV-34和XynZF-2热稳定性比较Fig.8 Comparison of the thermostability between the recombinant xylanase XynEV-34 and XynZF-2

2.4.2重组木聚糖酶最适pH以及pH稳定性的分析

测定pH对重组木聚糖酶酶活性的影响发现,原酶XynZF-2与突变酶XynEV-34的最适pH都在5.0左右,基本没有改变(图9)。同时,将原酶XynZF-2与突变酶XynEV-34在不同pH的缓冲液中保温1 h,测定各自相对酶活性发现,由图10可见,原酶XynZF-2在pH4.5~9.0之间的相对酶活性在50%以上,而突变酶Xyn34在pH3.0~9.0之间的相对酶活性在50%以上,由此可见,突变酶XynEV-34的pH稳定区间相比原酶XynZF-2明显扩大。由此可以推断,N-端替换可能使得木聚糖酶XynEV-34局部结构更加稳定,从而使得该酶pH稳定性增强。

图9 重组木聚糖酶最适pH比较Fig.9 Comparison of the optimum pH of the recombinant xylanases

图10 重组木聚糖酶pH稳定性比较Fig.10 Comparison of the pH stability of the recombinant xylanases

3 讨论

研究表明,通过中温和耐热木聚糖酶的氨基酸序列比对,可以有效确定与木聚糖酶耐热性相关的氨基酸残基以及结构区域[12]。另外,在木聚糖酶结构中理性的引入二硫键,可以明显改善木聚糖酶的热稳定性,二硫键主要作用在蛋白的折叠区域,降低蛋白去折叠状态的熵值以稳定蛋白构象,从而提高木聚糖酶的热稳定性[13]。

本研究通过同源序列分析,将木聚糖酶XynZF-2的N-端48个氨基酸替换成木聚糖酶EvXyn11 N-端含有二硫键(Cys5-Cys32)相应的34个氨基酸,增强β-折叠片之间的稳定性。同时,EvXyn11的N-端的34个氨基酸与耐热木聚糖酶TfxA的N-端区域的氨基酸残基比对及结构分析,在EvXyn11 N-端的β链B1上引入芳香族氨基酸(P9Y、H14F),增强β链B1与内部结构之间的疏水作用,稳定N-端局部结构,进而提高整个酶分子的稳定性。同时,构建对突变酶XynEV-34酶学性质分析发现,突变酶最适温度为48 ℃,相比原酶提高了8 ℃;相比原酶XynZF-2,突变酶XynEV-34的t1/245℃半衰期提高了16 min。由此可以得出,木聚糖酶XynZF-2的N-端引入二硫键以及芳香族氨基酸使得其热稳定性明显改善。这种通过同源序列比对以及结构分析来改造木聚糖酶的热稳定性,为其他木聚糖酶的分子改造提供了思路和方法,同时也为木聚糖酶工业用途的拓展奠定了基础。

[1]GOSWAMI G K,KRISHNAMOHAN M,Nain V,et al.Cloning and heterologous expression of cellulose free thermostable xylanase from Bacillus brevis[J]. Springer Plus, 2014, 3(20): 2-6.

[2]ZHANG H M,LI JF, WANG J Q,et al.Determinants for the improved thermostability of a mesophilic family 11 xylanase predicted by computational methods[J].Biotechnology for Biofuels,2014,7(3):1-10.

[3]LI H,VOUTILAINEN S,OJAMO H,et al.Stability and activity ofDictyoglomusthermophilumGH11 xylanase and its disulphide mutant at high pressure and temperature[J].Enzyme and Microbial Technology,2015,70:66-71.

[4]WANG J Q,TAN Z B,WU M C,et al.Improving the thermostability of a mesophilic family 10 xylanase,AuXyn10A,from Aspergillus usamii by in silico design[J].Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology,2014,41(8):1 217-1 225.

[5]SATYANARAYANA D V T.Improvement in thermostability of metagenomic GH11 endoxylanase (Mxyl) by site-directed mutagenesis and its applicability in paper pulp bleaching process[J]. Journal of Microbiology and Biotechnology,2013,40(12):1 373-1 381.

[6]QIAN C L,LIU N,YAN X,et al.Engineering a high-performance,metagenomic-derived novel xylanase with improved soluble protein yield and thermostability[J].Enzyme and Microbial Technology,2015,70:35-41.

[7]YIN X,LI J F,WANG J Q,et al.Enhanced thermostability of a mesophilic xylanase by N-terminal replacement designedby molecular dynamics simulation[J].Journal of the Science of Food and Agriculture,2013,93(12):3 016-3 023.

[8]WANG Y W,Fu Z,HUANG H Q,et al.Improved thermal performance ofThermomyceslanuginosusGH11 xylanase by engineering of an N-terminal disulfide bridge[J].Bioresource Technology,2012,112:275-279.

[9]FU GH,WANG Y T,WANG D D,et al.Cloning,expression, and characterization of an GH11 xylanase fromAspergillusnigerXZ-3S[J].Indian Journal of Microbiology,2012,52(4):682-688.

[10]YIN X,GONG Y Y,WANG J Q,et al.Cloning and expression of a family 10 xylanase gene (Aoxyn10) fromAspergillusoryzaeinPichiapastoris[J].Journal of General and Applied Microbiology,2013,59:405-415.

[11]李同彪,周晨妍,朱新术,等.V1C定点突变木聚糖酶XynZF-2对酶热稳定性的影响[J].食品与发酵工业,2015,41(4):167-171.

[12]柏文琴,杨鲁红,马延和.通过N端引入芳香族氨基酸提高木聚糖酶热稳定性[J].生物工程学报,2014,30(8):1 217-1 224.

[13]刘晓彤,邬敏辰,殷欣,等.二硫键对提高木聚糖酶AoXyn11热稳定性的作用[J].食品与生物技术学报,2014,33(10):1 038-1 043.

Effect of N-terminal disulfide bridge and aromatic residues on the thermal stability of xylanase XynZF-2

LI Tong-biao, ZHOU Chen-yan*,ZHU Xin-shu, WANG Yan

(School of Life Science and Technology, Xinxiang Medical University, Xinxiang 45300, China)

In order to improve the thermostability of a mesophilic family GH11 xylanase XynZF-2, the N-terminus of xylanase XynZF-2 was substituted with the corresponding sequence of a hyperthermostability family GH11 xylanase EvXyn11. The aromatic residues (P9Y and H14F) were introduced into this corresponding sequence of xylanase EvXyn11 to construct the hybrid xylanase genexynEV-34. XynZF-2- and XynEV-34-encoding genes were expressed inE.coliBL21, respectively, and effects of pH and temperatures on the activity of xylanase were analyzed. Compared to the optimum temperature of XynZF-2, the optimum temperature of XynEV-34, increasing by 8 ℃, was 48 ℃. In addition, the Xyn34 and XynZF-2 respectively retained about 77.96% and 44.36% of activity after treatment at 40℃ for 60 min. Compared to XynZF-2 witht1/245℃of 7 min,t1/245℃of XynEV-34 was increased to 23 min. Optimum pH values of the XynZF-2 and XynEV-34 did not change notably. However, the pH range for stability of XynEV-34 was broadened from 4.4~9.0 to 3.0~9.0. This study demonstrated that the introduction of a disulfide bridge and aromatic residues could improve the thermostability and pH stability of the XynZF-2 notably.

xylanase; disulfide bridge; aromatic residues; thermostability

10.13995/j.cnki.11-1802/ts.201601005

硕士研究生(周晨妍副教授为通讯作者,E-mail:zhouchenyan2008@163.com)。

河南省教育厅科学技术研究重点项目(13A180861;14A180018);河南省高等学校青年骨干教师资助计划项目(2011GGJS-125);新乡医学院科研项目培育基金(2013ZD113);新乡医学院研究生科研创新支持计划资助项目(YJSCX20434Y)

2015-07-01,改回日期:2015-09-08

猜你喜欢

芳香族二硫键杂合
杂合肽Melitten-cathelicidin_BF的生物信息学分析
二硫键影响GH11木聚糖酶稳定性研究进展
甘蓝型油菜隐性上位互作核不育系统不育系材料选育中常见的育性分离及基因型判断
芳香族聚酰胺纤维研究进展及应用
胃蛋白酶结合柱后在线还原法分析重组人粒细胞刺激因子的二硫键
芳香族水杨酰肼衍生物对PLLA热性能的影响
二硫键在蛋白质中的作用及其氧化改性研究进展
从翻译到文化杂合——“译创”理论的虚涵数意
芳香族聚碳酸酯的化学改性研究进展
含氟芳香族腙类化合物的制备及其化学转化