张彦 吴柏林

(1. 广东省妇幼保健院医学遗传中心，广东广州 511442； 2. 哈佛大学医学院波士顿儿童医院实验医学部；3.复旦大学儿科医院、复旦大学生物医学研究院，上海 200433)

高通量测序在遗传病临床基因检测中的效果评价

张彦1,2吴柏林2,3*

(1. 广东省妇幼保健院医学遗传中心，广东广州 511442； 2. 哈佛大学医学院波士顿儿童医院实验医学部；3.复旦大学儿科医院、复旦大学生物医学研究院，上海 200433)

基于国内外迅猛发展的高通量测序技术(第二代测序技术)应用以及精准医学的需求，从技术和成本角度分析高通量测序技术用于同时检测单核苷酸变异(SNV) 和拷贝数变异(CNV) 的临床应用价值。

高通量测序；拷贝数变异；单核苷酸变异；基因诊断

高通量测序技术(high throughput sequencing)也叫做第二代测序或下一代测序(next generation sequencing，NGS)，由于其较高的检测效率而得到越来越多的推广和应用。但由于技术发展的局限和生物信息学的限制，临床应用尚存在着较多的结果可重复性问题和数据解读困难。本文就高通量测序技术在临床应用方面的实用性做一综述，拟对其同时检测拷贝数变异(copy number variation，CNV)和单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNV)的效能进行客观评价。

1 NGS简介

NGS技术的发展目前大致可归结为3个方向。第一个方向可追溯到1990年的大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing, MPSS)[1]，由于其技术极其复杂而使其应用受限。2004年与Solexa公司合并，而后者是基于1998年出现的另一技术-可逆染料终止技术(reversible dye-terminator technology)[2]，后来被Illumina公司兼并，最终发展为现在的边合成边测序技术；第二个方向起始于2005年……