刘旻昊

摘 要：该文选取了30种脊椎动物线粒体基因数据，应用AMI方法提取出它们的序列特征，结合相关系数和离差平方和方法构建生物进化树。对30种脊椎动物，其生物进化树与白凤兰等人的方法进行对比，更加合理并且计算方法简单。

关键词：AMI 基因组 线粒体 生物进化树

中图分类号：TK823 文献标识码：A 文章编号：1674-098X（2015）05（b）-0032-01

1 数据选取

线粒体是真核细胞内较为简单的DNA分子，具有极少发生重组、进化速度快等特点。同时，线粒体DNA只通过母系遗传的机制也使其成为了探索母系遗传的绝佳工具，被广泛用于群体遗传学研究。

该文从文献2和3选取30种脊椎动物线粒体DNA完全基因组数据，可从NCBI网站http：//www.ncbi.nlm.nih.gov免费下载。

2 数据计算

2.1 方法一

对于这30种线粒体基因组，首先提取各自序列的AMI向量，每种生物得到一个向量。对于参数k的选取，我们选取了10、50、100、200、300、400、500、600、700等多个值，对这30种动物的聚类都能得到近似的结果，但是综合各向量之间的距离和聚类分析的结果来看，k取500是比较合适的，这样AMI向量共有501个分量。对于这30种动物的AMI向量，进行聚类，最后得到结果（具体数据和结果可同作者电子邮件联系索取）。

2.2 方法二

白凤兰在其博士论文中将DNA序列用三维图形表示，利用图的不变量给出了序列之间的距离度量，然后定义了物种进化距离，最后用NJ算法构建了系统发生树。

3 结果分析

分析方法一的结果我们可以看出，guinea pig（几内亚猪）和cat（猫）dog（狗）被分在了一起，以上三种构成一个分支；platypus（鸭嘴兽）、rabbit（兔子）、squirrel（松鼠）和fat dormouse（睡鼠）构成了第二个分支，其中的squirrel和fat dormouse距离更近，这是符合进化关系的；……