30个InDel在河南汉族人群中的法医学应用
2015-08-27刘亚举张俊涛岳俊涛郭利红李效阳
刘亚举,张俊涛,岳俊涛,郭利红 ,刘 海,张 毅,李效阳
(1.许昌市公安局刑事科学技术研究所,河南 许昌 461000;2.襄城县公安局刑侦大队,河南 襄城 461700;3.河南省公安厅刑事科学技术研究所,河南 郑州 450003)
插入/缺失(insertion/deletion,InDel)多态性是指基因组中插入或缺失不同大小的DNA片段所形成的多态性遗传标记[1]。InDel为一种特殊类型的二等位基因遗传标记,PCR产物能通过现有的毛细管电泳平台进行分型检测,容易获得较短的扩增片段,尤其适合高度降解的生物样本分型,突变率低,适合亲缘关系鉴定。
本研究采用Investigator®DIPplex荧光标记复合扩增系统对河南汉族人群30个InDel位点的遗传多态性进行调查,旨在为法医学应用提供基础数据。
1 材料与方法
1.1 材料
293例河南汉族无关个体血样取自实验室日常建库积累,其中男性206名,女性87名。采用sbeadex®法医学试剂盒(英国LGC公司)提取基因组DNA,参照Investigator DIPplex试剂盒(德国QIAGEN公司)说明书进行复合扩增。
1.2 方法
使用9700型PCR扩增仪(美国AB公司)。PCR扩增体系为 10μL,包括反应混合物A(Mg2+、dNTP和BSA) 2μL,引物 2μL,Taq2 DNA 聚合酶 0.25μL,纯水 4.75μL,模板 1μL。
扩增条件:94℃ 4min;94℃ 30s,61℃ 120s,72℃75s,30个循环;68℃ 60min;10℃保温。取 1μL扩增产物与DNA size standard 550(标记橙色荧光素BTO)0.5 μL和去离子甲酰胺10 μL混合,95℃变性3 min后,冰浴3 min,置3130型遗传分析仪(美国AB公司)上进行毛细管电泳,采用GeneMapper®ID-X软件进行等位基因分型。
InDel位点的等位基因频率(Fdel、Fins)、Hardy-Weinberg遗传平衡检验、同一染色体上InDel位点的连锁不平衡分析均采用SNP Analyzer 2.0[2]。采用Power-Marker®v3.25软件[3]计算各InDel位点的杂合度(H)、匹配概率(Pm)、个体识别率(DP)、二联体非父排除率(PEduo)、三联体非父排除率(PEtrio)和多态信息含量(PIC)。
2 结 果
2.1 30个InDel位点在河南汉族人群中的检测结果
30个InDel位点检测片段长度在70~205 bp,其扩增片段长度为76~158bp。……
