基于诱导多能干细胞的Alport综合征差异性表达小核糖核酸的生物信息学分析
2014-03-21陈文标黄建溶彭武建林小聪戴勇
陈文标,黄建溶,彭武建,林小聪,戴勇
(1.暨南大学第二临床学院/深圳市人民医院临床医学研究中心,广东深圳518020;2.深圳市第三人民医院肾脏内科,广东深圳518112;3.广东医学院生物化学研究所,广东湛江524023)
基于诱导多能干细胞的Alport综合征差异性表达小核糖核酸的生物信息学分析
陈文标1,黄建溶1,彭武建2,林小聪3,戴勇1
(1.暨南大学第二临床学院/深圳市人民医院临床医学研究中心,广东深圳518020;2.深圳市第三人民医院肾脏内科,广东深圳518112;3.广东医学院生物化学研究所,广东湛江524023)
目的寻找Alport综合征患者(AS)与健康对照者(NC)差异性表达小核糖核酸(microRNAs)。分析差异性表达microRNAs的生物信息学特点。方法收集AS与NC组的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,将尿肾脏管细胞诱导分化成多能干细胞(iPSCs)。运用高通量测序找出2组之间差异性表达的microRNAs,用于预测特异性靶基因。靶基因可进行gene ontology(GO)富集与Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)通路信号分析。确定差异性表达的microRNAs靶基因的主要富集位点与通路信号条目。结果在2组样本中发现30个microRNAs具有差异性表达,包括19个上调与11个下调。差异性表达microRNAs靶基因GO富集主要聚集在细胞分子、细胞组成与细胞生物学过程。嘌呤代谢通路与丝裂原激活的蛋白激酶是主要的KEGG信号传导通路。结论差异性表达microRNAs靶基因的生物信息学可能在AS发病机制中起重要作用,可作为潜在靶点用于AS病因的深入研究。
Alport综合征;小核糖核酸;GO富集;KEGG通路
Alport综合征(alport syndrome,AS)是一种遗传性基底膜病,可伴有眼、耳改变。其基本病因是编码基底膜上的重要组分Ⅳ型胶原各条α链的基因(C0L4A3~A5)发生突变[1]。……
