APP下载

复制因子C蛋白复合物功能研究进展

2014-01-27李依驰陈良城夏石头

作物研究 2014年5期
关键词:亚基突变体复合物

李依驰,崔 看,陈 锦,成 平,陈良城,夏石头*

(1湖南农业大学生物科学技术学院/湖南省植物激素与生长发育重点实验室,长沙410128;2湖南省西瓜甜瓜研究所,长沙410125;3湖南省农业科学院农业信息与工程研究所,长沙410125)

复制因子C(replication factor C,RFC)最早是从人类的宫颈癌Hela细胞提取物中纯化得到的,由5个大小结构不同的亚基组成的蛋白复合物,并发现它是猿病毒40(simianvirus 40,SV40)DNA在体外复制的必需因子[1,2]。人们以酵母、老鼠、果蝇和人类细胞等为研究材料,相继确定了酵母、老鼠、果蝇和人类细胞中RFC复合蛋白各亚基及其编码基因,并发现很多真核生物中都存在着该蛋白复合物[3~6]。随着研究的不断深入,人们逐渐认识到RFC复合蛋白复合物作为一个整体,其在DNA复制与修复及细胞分裂增殖和抗逆生长中具有重要的功能。而在植物中,Furukawa等[7]在水稻中利用同系物克隆法成功分离了水稻复制因子C(Oryza sativa L.RFC,OSRFC)的5个亚基,分析了其表达部位及其分子特性,自此人们开始对于RFC复合体在植物中的重要作用进行研究。但是由于RFC是DNA复制必需因子,其编码基因突变极可能导致植株死亡,因此有关植物中RFC的报道较少。

1 RFC蛋白复合体的组成与功能

RFC复合物是位于真核生物复制叉上的结构特异性DNA结合蛋白,主要作用是在DNA复制过程中,将增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)装载到DNA链上,并在有脱氧核糖核酸存在的条件下通过人类单链DNA结合蛋白(human single-stranded DNA binding protein,hSSB)的作用而准确高效的延伸 DNA复制链[8,9]。RFC蛋白复合物由5个亚基组成,其1个大亚基(RFC1/140 kD)和4个小亚基(RFC2/37 kD,RFC3/36 kD,RFC4/40 kD,RFC5/38 kD),普遍存在于真核生物中。而随后在对RFC以及5个亚基的功能研究后发现,RFC以及5个亚基在真核生物中都具有重要的生物学功能[3~6]。

在真核生物复制时,RFC具有激活多聚酶组装的作用[10,11],同时在 SV40 的 DNA 复制起始点、DNA领头链起始合成中多聚酶由polα转换为polδ时和随后链延伸过程中冈崎片段合成时的作用也是必不可少的。同时RFC复合物整体参与了DNA复制S期细胞周期检查点控制,而RFC的4个小亚基能与Rad24形成一个稳定的结构,参与在S期以外的细胞周期检查点控制的途径[12]。而在细胞分裂时,RFC与Ctf18p、Ctf8p或Dcc1p形成的复合物使姐妹染色单体能够准确的合成,此外,RFC及其亚基在细胞分裂增殖及抗逆性生长等方面也起作用[13~16]。

2 酵母和人类RFC各亚基的功能

酵母RFC的5个亚基都是酵母细胞增殖所必需的,除序列高度相似外,都含有ATP/GTP结合蛋白特性的保守区域。酵母复制因子C(Saccharomyces cerevisiae RFC,ScRFC1)与细胞分裂周期蛋白44(Cell division cycle protein 44,CDC44)相似。CDC44是一个细胞分裂周期基因,其编码蛋白参与DNA代谢。CDC44/RFC1与ScPCNA蛋白编码基因在遗传学水平上相互作用,同时证实了它们在DNA复制时存在着相互作用[17]。与人类 RFC(human RFC,hRFC)活性相似,ScRFC是细胞生长所必需的并表现出单链DNA依赖型ATP酶活性[18]。

通过不断的研究积累,可以推测RFC的各个不同亚基的功能可能也有所不同。2005年,Kim等[19]发现,在裂变酵母中RFC1的C末端结构域是维持其体内功能所必需的,该结构域的突变会导致细胞内染色体复制异常。而RFC1的超表达能够消除因组蛋白H3K56的超乙酰化而引起的细胞死亡[20]。Tang等[21]研究发现,hRFC1在早年衰老综合症(Hutchinson Gilford Progeria Syndrome,HGPS)细胞中存在裂解的现象,导致产生被截短了的RFC1(分子量为75 kD),这种有缺陷的RFC1影响了DNA复制过程中PCNA和polδ的加载。有趣的是,这个裂解过程可以被一个丝氨酸蛋白酶抑制剂所抑制,这就表明RFC1是被丝氨酸蛋白酶所裂解的。因而这种独特的被截短了的RFC1可以作为一个潜在HGPS的标志。而RFC2、RFC3与c-MYC致癌基因(转录因子)的相互作用,能引发细胞的分裂增生[22]。崔金全等[23]通过基因表达谱芯片检测发现,葡萄胎和绒毛膜癌存在RFC高表达,而RFC2与DNA的复制和修复及细胞周期信号检查点的功能有关,还与PCNA一起参与细胞DNA损伤后的错配修复和切除修复机制。研究发现,人类RFC5是结合到PCNA的C末端的,人类RFC5在人类乳头状瘤病毒(Human papillomaviruses,HPV)病毒呈阳性的头颈鳞片状的细胞瘤(squamous cell carcinoma of the heda and neck,SCCHN)中的表达量上调[24],且RFC5是打开DNA复制夹PCNA所必需的,RFC1则不是打开PCNA所必需的。RFC5可与Ctfl8结合形成Ctfl8-RFC5,并在DNA复制和姊妹染色体配对中起重要作用[25,26]。Gellon等最近的研究结果则表明,除在姊妹染色体配对中起作用外,Ctfl8-RFC在基因组稳定性方面也有重要作用[27]。

3 植物RFC各亚基的功能

虽然人类和动物中关于RFC的功能研究进展很快,但植物中有关RFC及其各亚基的研究却因起步较晚、研究的关注点不同等多方面的原因,鲜有报道。直到2003年,Furukawa等[7]通过同系物克隆在水稻中成功分离了OsRFC的5个亚基,且5个亚基分别位于水稻的不同染色体上:OsRFC1(位于11号染色体上,110.8 kD)、OsRFC2(位于12号染色体上,37.4 kD)、OsRFC3(位于 2号染色体上,40.3 kD)、OsRFC4(位于 4号染色体上,36.8 kD)和OsRFC5(位于3号染色体上,40.5 kD)。OsRFC的5个亚基都含RFC蛋白高度保守的氨基酸花边序列——RFC盒(RFC box)。这些亚基在不同组织中表达类型不同,在分生组织、茎尖分生组织中表达很强,而在不含分生组织的成熟叶中表达量很低。但由于在水稻中未能获得相应的RFC突变体植株,因此难以在水稻中继续对RFC的功能进行研究。其主要原因可能是RFC复合蛋白体是DNA复制的必需因子,其编码基因突变会导致植株死亡。

为了进一步研究RFC在植物中的功能,夏石头等[28]以拟南芥为载体,研究了 AtRFC1的3个TDNA插入突变株系rfc1-1、rfc1-2和rfc1-3,并发现T-DNA在AtRFC1外显子中插入突变将引起种子胚胎发育异常从而导致种子败育。将野生型AtRFC1通过农杆菌介导法转入到拟南芥突变体中时,却恢复了突变株的野生型表型,进一步说明AtRFC1在种子胚胎发育中起重要作用,AtRFC1突变是导致胚胎发生异常和种子败育的原因。有研究发现,rfc1可解除ros1-1(repressor of silencing1-1)对基因沉默的转录抑制,重新激活ros1-1突变体中35SNPTII(外源导入基因)的表达,表明AtRFC1可能在拟南芥基因组稳定性和基因转录沉默(transcriptional gene silencing,TGS)中起重要作用[29]。同时,At-RFC1缺陷将导致拟南芥对DNA损伤敏感性提高和高概率的同源重组,在减数分裂期,RFC1对于DNA后随链的形成有重要作用,rfc1突变将导致不正常的染色体联结,花粉的败育和其他细胞学的缺陷等[30]。进一步的研究发现,AtRFC1在ABA调节的同源重组中起着至关重要的调节作用[31]。夏石头等通过EMS诱变,得到了一个叶型和株型与SA诱导型抗病突变体sni1(suppressor of npr1-1,inducible 1)相似,即株型较小、早花、叶片狭长且叶面积较小的突变体。sni1是在对病程相关蛋白不表达的突变体npr1(nonexpressor of PR genes)进行抑制突变时筛选出来的,SNI1在水杨酸诱导型抗病反应中起重要作用。通过杂交试验表明,该突变体不是sni1,而是一个新的突变体。通过对该突变体进行基因图位克隆,夏石头等确定该突变是AtRFC3基因的点突变rfc3-1,该点突变导致RFC3中第三个非常保守的结构域中的一个非极性脂肪族氨基酸(Gly-85)被替代成为一个带负电荷的氨基酸(ASP),从而影响了RFC3与其他亚基的结合[32]。与野生型相比,rfc3-1植株对病原菌Peronospora parasitica(P.p.)Noco2的抗性显著增强,检测突变体内抗病基因PR1和PR2的表达分析发现,rfc3-1植株PR1和PR2基因表达量大幅上调;更进一步研究发现,该上调是不依赖于 NPR1蛋白的,说明RFC3在SA诱导的植物系统获得性抗性中起负调控作用[33]。

同时,RFC3基因突变严重影响植株的生长发育,并削弱了植株抗紫外辐射的能力,说明RFC3在植物生长发育中也有重要的生物学功能[34]。陈良城等[35]发现,rfc3-1植株对 MMS与 cisplatin的抗性减弱,而rfc3-1/RFC3植株与野生型没有差异,说明RFC3对植物核酸损伤修复有重要作用。陈良城[36]对拟南芥RFC5进行RNAi干扰,获得 rfc5突变体,对其研究发现,rfc5突变体具有相对于野生型要矮小,侧根少,叶片细小,花器官生长受限等生长发育特征。通过对rfc5突变体进行DNA毒性物质MMS和cisplatin处理实验,发现rfc5突变体抗性减弱,而 rfc5/RFC5植株与野生型没有差异,说明RFC5对植物核酸损伤修复有重要作用。

4 展望

虽然近年来,在对水稻和模式植物拟南芥的RFC及各亚基的功能研究方面已经获得一些进展,但仍存在许多问题,如rfc3-1突变体纯合子植株与另一个突变体sni1在形态和抗病表型上很相似,这两种蛋白是否存在相互作用或者联系?植物中复制因子C复合物其他小亚基如RFC2和RFC4的功能如何?RFC与其他突变表型类似的基因之间是否存在着相互作用?整个作用通路与信号转导系统又是怎样工作的?这些问题都值得更深入的研究和探讨。

[1]Tsurimoto T,Stillman B.Purification of a cellular replication factor,RF - C,that is required for coordinated synthesis of leading and lagging strands during simian virus 40 DNA replication in vitro[J].Mol Cell Biol,1989,9(2):609-619.

[2]Chen M,Pan ZQ,Hurwitz J.Studies of the cloned 37 kDa subunit of activator 1(human replication factor C)of Hela cells[J].Proc Natl Acad Sci,1992,89:5211 -5215.

[3]Luckow B,Bunz F,Stillman B,et al.Cloning,expression,and chromosomal localization of the 140 kilodalton subunit of replication factor C from mice and human [J].Mol Cell Biol,1994,1626 -1634.

[4]Gary SL,Burgers PMJ.Identification of the fifth subunit of Saccharomyces cerevisiae replication factor C [J].Nucl Acids Res,1996,23:4986 -4991.

[5]Gray FC,MacNeill SA.The SchizoSaccharomyces pombe rfc 3+genes encodes a homologue of the human hRFC36 and Saccharomyces cerevisiae RFC3 subunit of replication factor C[J].Curr Genet,2000,37:159 - 167.

[6]Tsuchiya A,Inoue YH,Ida H,et al.Transcriptional regulation of the Drosophila rfc1 gene by the DRE-DREF pathway[J].FEBS J,2007,274(7):1818 -1832.

[7]Furukawa T,Ishibashi T,Kimura S,et al.Charaterization of all the subunits of replication factor C from a higer plant,rice(Oryza sativa L.),and their relation to development[J].Plant Mol Biol,2003,53(1 - 2):15 - 25.

[8]Majka J,Burgers PM.The PCNA - RFC families of DNA clamps and clamp loaders[J].Prog Nucleic Acid Res Mol Biol,2004,78:227 -260.

[9]Hu Z,Perumal SK,Yue H,et al.The human lagging strand DNA polymerase δ holoenzyme is distributive[J].J Biol Chem,2012.287:38442-38448.

[10]Pan ZQ,Chen M,Hurwitz J.The subunit of activator 1(replication factor C)carry out multiple functions essential for proliferational-cell nuclear antigen-dependent DNA synthesis[J].Proc Natl Acad Sci,1993,90:6 -10.

[11]Mossi R,Jonsson ZO,Allen BL,et al.Replication factor C interacts with the C-terminal side of proliferating cell nuclear antigen[J].J Bio Chem,1997,272(3):1769 -1776.

[12]Green CM,Erdjument- Bromage H,Tempst P,et al.A novel Rad24 checkpoint protein complex closely related to replication factor C[J].Curr Biol,2000,10:39 - 42.

[13]Mayer ML,Gygi SP,Aebersold R,et al.Identification of RFC(Ctf18p,Ctf8p,Dcc1p):an alternative RFC complex required for sister chromatid cohesion in S.cerevisiae[J].Cell,2001,7:959 - 979.

[14]Sakato M,Zhou Y,Hingorani MM.ATP binding and hydrolysis-driven rate-determining events in the RFC-catalyzed PCNA clamp loading reaction[J].J Mol Biol,2012,416(2):176 -191.

[15]ThompsonJA,MarzahnMR,O’DonnellM,et al.Replication factor C is a more effective proliferating cell nuclear antigen(PCNA)opener than the checkpoint clamp loader,Rad24 - RFC [J].J Biol Chem,2012,287(3):2203-2209.

[16]Majka J,Burgers PMJ.The PCNA -RFC families of DNA clamps and clamp loaders[J].Prog Nucleic Acid Res Mol Bill,2004,78:227 -260.

[17]Cullmann G,Fien K,Kobayashi R,et al.Characterization of the five replication factor C genes of Saccharomyces cerevisiae[J].Mol Cell Biol,1995,15(9):4661 -4671.

[18]Cai J,Yao N,Gibbs E,et al.ATP hydrolysis catalyzed by human replication factor C requires participation of multiple subunits[J].Proc Natl Acad Sci USA,1998,95(20):11607-11612.

[19]Kim J,Robertson K,Mylonas KJL,et al.Contrasting effects of Elg1-RFC and Ctf18-RFC inactivation in the absence of fully functional RFC in fission yeast[J].Nucleic Acid Res,2005,33(13):4078 -4089.

[20]Celic I,Verreault A,Boeke JD.Histone H3K56 Hyperacetylation perturbs replisomes and cause DNA damage[J].Genetics,2008,179:1769 -1784.

[21]Tang H,Hilton B,Musich PR,et al.Replication factor C1,the large subunit of replication factor C,is proteolytically truncated in Hutchinson-Gilford progeria syndrome[J].Aging Cell,2012,11(2):363 -365.

[22]Kochl HB,Zhang R,Verdoodt B,et al.Large- scale identification of c-MYC-associated proteins using a combined TAP/MudPIT approach [J].Cell Cycle,2007,6(2):205 -217.

[23]崔金全,石一复,周怀君,等.不同妊娠滋养细胞疾病组织中 RFC2、PCNA 表达的研究[J].癌症,2004,23(2):196-200.

[24]Martinez I,Wang J,Hobson KF,et al.Identification of differentially expressed genes in HPV-positive and HPV-negative oropharyngeal squamous cellcarcinomas[J].Eur J Cancer,2007,43(2):415 -432.

[25]Murakami T,Takano R,Takeo S,et al.Stable interaction between the human proliferating cell nuclear antigen loader complex Ctf18-replication factor C(RFC)and DNA polymerase epsilon is mediated by the cohesionspecific subunits,Ctf18,Dcc1,and Ctf8 [J].J Biol Chem,2010,285(45):34608 -34615.

[26]Marie EM,Anisha G,Robert VS.Rfc5p regulates alternate RFC complex functions in sister chromatid pairing reactions in budding yeast[J].Cell Cycle,2010,9(21):4370-4378.

[27]Gellon L,Razidlo DF,Gleeson O,et al.New functions of Ctfl8-RFC in preserving genome stability outdide its role in sister chromatid cohesion [J].PLoS Genet,2011,7(2):e1001298.

[28]夏石头,萧浪涛,毕冬玲,等.拟南芥复制因子C亚基1在胚胎发生中起重要作用[J].植物生理与分子生物学报,2007,33(3):179 -187.

[29]Liu Q,Wang J,Miki D,et al.DNA Replication Factor C1 mediates genomic stability and transcriptinal gene silencing in Arabidopsis[J].Plant Cell,2010,22:2336 -2352.

[30]Wang Yingxiang,Cheng Zhihao,Huang Jiyue.The DNA replication factor RFC1 is required for interference-sensitive meiotic crossovers in Arabidopsis thaliana [J].PLoS Genetics,2012,8(11):e1003039.

[31]Yao Tingxiu,Gong Zhizhong.Abscisic acid suppresses the highly occurred somatic homologous recombination in Arabidopsis rfc1 mutant[J].Journal of Genetics and Genomics,2013,49:465 -471.

[32]Xia S,Xiao L,Gannon P,et al.RFC3 regulates cell proliferation and pathogen resistance in arabidopsis[J].Plant Signal& Behavior,2010,5(2):168 -170.

[33]Xia S,Zhu Z,Hao L,et al.Negative regulation of systemic acquired resistance by replication factor C subunit3 in arabidopsis[J].Plant Physiol,2009,150:2009 - 2017.

[34]夏石头,匡 勇,萧浪涛.拟南芥复制因子C亚基3在黄化苗下胚轴伸长生长中的作用[J].植物生理学通讯,2009,45(10):991 -994.

[35]陈良城,陈 锦,夏石头,等.复制因子C亚基3基因(RFC3)突变降低了拟南芥植株复制损伤的修复的能力[J].植物生理学报,2013,49(5):485 -491.

[36]陈良城.AtRFC5对拟南芥植株生长发育的调控作用研究[D].长沙:湖南农业大学硕士学位论文,2013.

猜你喜欢

亚基突变体复合物
盐胁迫对水稻耐盐突变体sst芽苗期生长的影响
航天搭载小麦株高突变体研究初探
心脏钠通道β2亚基转运和功能分析
烟草叶形突变体的形态特征与关键基因表达差异研究
蓝隐藻藻蓝蛋白亚基的分离及特性研究
新的控制水稻粒宽基因获发现
柚皮素磷脂复合物的制备和表征
黄芩苷-小檗碱复合物的形成规律
白杨素磷脂复合物的制备及其药动学行为
小RNA干扰蛋白酶体亚基α7抑制K562细胞增殖