张树荣，吴海龙，翟敏，康超，尹小丽，俞汝勤

(化学生物传感与计量学国家重点实验室湖南大学化学化工学院，湖南长沙 410082)

复杂的基于蛋白质的生命现象及其过程已经难以用一两个因素来简单、孤立地描述。传统的荧光探针技术因为受自身光谱分辨能力所限而造成信号重叠，已经无法同时描述多个蛋白质的生命功能。液相色谱-串联质谱联用(LC-MS)技术已经被证明是最有可能承载蛋白质组系统性研究的基础方法之一。目前，基于LC-MS 技术的Shotgun 策略［1-4］已经能够充分利用二级质谱来准确地识别肽段序列，从而识别体系中重要的蛋白质。当蛋白质识别的问题得到很好的解决之后，科研工作者开始前瞻性地考虑蛋白质的定量问题——如何定量地从直接的生物标记蛋白质来描述生命现象及其过程。Shotgun策略虽然擅长于识别蛋白质，自身却非常耗时［5］，不能采集到体系中完整的数据［6］，也不能同时给出定量性质的结果［1，7-10］。在常规领域，质谱仪器的MRM(multiple reaction monitoring)技术是很好的兼顾鉴定同时保证定量的方案。而肽段本身的二级质谱会出现非常多的碎片离子信号，造成了各个碎片离子未必像常规小分子那样具有一个主导的碎片峰，从而使得选择定性和定量离子的工作非常繁琐，且进一步使电离条件的优化复杂化。同一个肽段质谱会受到多种因素影响，其中包括流动相条件、电离源技术、碎裂策略、环境因素等等，这又使得在一台仪器上获得的结果很难推广到其它基于质谱的定量工作中。……