蒋 森，付海龙，徐广峰，王秀芳，赵亚萍，杜云翔

(1蚌埠医学院，安徽蚌埠 233000;2中国人民解放军第82医院)

微小RNA(microRNA，miRNA)是一类具有调控功能的非编码小分子RNA［1］，参与机体多种生理、病理机制。近年研究结果表明，人类Hsa-miR-1参与细胞生长、分化、凋亡及心脏、内耳发育等生理过程，并与鼻咽癌、肺癌、胃癌等肿瘤发生有关［2～5］。食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma，ESCC)是我国常见的消化道恶性肿瘤，HsamiR-1与ESCC发病关系的研究目前鲜见报道。2011年11月，我们观察了Hsa-miR-1在ESCC细胞株中的表达情况，并通过多个在线数据库、运用多个生物信息学软件对Hsa-miR-1的生物学特征以及功能进行预测分析，旨在为后续的Hsa-miR-1功能研究提供思路。

1 材料与方法

1.1 材料 人食管癌细胞系ECA109、TE-1、KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A(均购自中科院上海细胞库);胎牛血清(Gbico公司)，1640培养基(Gbico公司)，miRNeasy总RNA抽提试剂盒(德国QIAGEN公司)，逆转录试剂盒(美国 ABI公司)，TaqMan MicroRNA Assay(美国 ABI公司)，ABI7500荧光定量PCR仪(美国ABI公司)。

1.2 细胞培养及Hsa-miR-1表达水平检测 取上述KYSE-150及Het-1A细胞分别加入含10%胎牛血清的1640培养基，置于37℃，5%CO2培养箱中培养。按照试剂盒说明书步骤提取细胞总RNA，紫外分光光度仪测定总RNA浓度与纯度，使A260/A280值在1.8～2.0。根据试剂盒说明书操作步骤进行逆转录，采用实时荧光定量-PCR(RT-qPCR)检测Hsa-miR-1水平，每组实验至少重复3次。选择miRNA-U6为内参照，应用2-△CT方法计算目的基因相对表达水平。

1.3 数据来源 利用 miRBase(http://www.mirbase.org/)数据库查找Hsa-miR-1序列，选择三种在线软 件 TargetScan6.1［6］(http://www.targetscan.org/)、PicTar［7］(http://pictar.mdc-berlin.de/) 和miRanda［8］(http://www.microrna.org/) 预测 HsamiR-1的靶基因，取交集，结合 DIANA LAB-Tar-Base5.0(http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/)预测的Hsa-miR-1靶基因，进行后续生物信息学分析。

1.4 数据分析 采用GeneOntology对预测发现的Hsa-miR-1靶基因进行功能富集分类，利用Cytoscape中的插件BINGO［9］实现基因的GO富集分析。……