结缔组织生长因子和金属蛋白酶组织抑制因子-1 RNA干扰靶位的筛选*
2011-09-20蒋玉凤张建军刘加群孙华丽
蒋玉凤 黄 飞 张建军 刘加群 孙华丽
肝纤维化是多种原因引起的慢性肝损伤所共有的病理学改变,是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)合成增多、降解不足而在肝内过量沉积的结果[1]。TGF-β及其信号传导途径在肝纤维化发生机制中起着关键作用,TGF-β信号诱导结缔组织生长因子(connective tissue growth factor,CTGF) 的表达而促进ECM的合成,诱导金属蛋白酶组织抑制因子-1(tissue inhibitor of metalloproteinase-1,TIMP-1)表达,阻断基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMPs)对 ECM 的降解[2~4]。RNA 干扰是目前最有效的基因沉默技术,能特异性抑制靶基因的转录,进而下调相应蛋白水平及功能。RNAi靶序列的选择很关键,所以,RNA干扰实验通常需要针对一个基因设计多个靶序列的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),以找到最有效的 siRNA 序列[5,6]。本研究旨在针对CTGF和TIMP-1目的基因分别设计3条siRNA,通过转染肝星状细胞(hepatic stellate cell,HSC)以筛选有效的抑制序列,为进一步研究CTGF和TIMP-1在肝纤维化发生中的作用以及探索肝纤维化的基因治疗奠定基础。
材料与方法
一、细胞与试剂 大鼠HSC-T6由我院中心实验室冻存;新生小牛血清购自杭州四季青公司;RNA抽提试剂TRIZOL购自上海生工公司;CTGF、TIMP-1RNA干扰序列由上海生工公司合成;CTGF、TIMP-1、GAPDH、I型前胶原(Procol-α1)、无关序列(silence)引物由上海博尚生物技术有限公司合成;逆转录试剂盒和荧光定量PCR试剂盒购自FINNZYMES公司;转染试剂KeyGenTransIII购自凯基生物科技发展公司;III型前胶原、粘连蛋白、透明质酸放射免疫分析试剂盒购自上海海研医学生物技术有限公司;TGF-β1购自美国Cytokines公司。
二、大鼠CTGF和TIMP-1基因干扰靶位设计 在NCBI Gen Bank数据库中,在线查询大鼠CTGF和TIMP-1基因序列。CTGF基因序列的Accession number为 AF120275;TIMP-1基因序列的Accession number为NM-053819。然后,在晶赛公司网站在线设计RNA干扰靶位,通过计算机软件,各选取3段,同时设计阳性对照(GAPDH/r基因干扰靶位)和阴性对照(无关干扰序列),见表1。……
