高分辨熔解曲线法检测非小细胞肺癌p53基因的突变
2011-09-11陈志红安社娟谢至严红虹陈剑光苏健张绪超牛飞玉郭伟浜吴一龙
陈志红 安社娟 谢至 严红虹 陈剑光 苏健 张绪超 牛飞玉 郭伟浜 吴一龙
p53基因是迄今为止发现的与人类多种肿瘤相关性最高的基因。野生型p53基因是一个肿瘤抑制基因,而其突变型则具有致癌作用,p53基因突变广泛分布外显子5-8,可达95%-98%[1,2]。但p53的突变热点较多,比较分散,目前通常采用组织DNA直接测序法检测p53基因突变,费时且昂贵,无法满足临床需要。本研究旨在建立高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)检测非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者p53基因突变的方法[3,4],探讨p53基因突变的特点及其在NSCLC发生发展中的演变规律。
1 材料与方法
1.1 标本来源 病例组为2007年-2009年广东省人民医院的NSCLC患者肿瘤标本,共264例,均为汉族,男184例,女80例,年龄23岁-88岁,均经病理学诊断确诊,且在知情同意后签署了知情同意书。对照组为肺癌患者的癌旁组织标本,共54例,均为汉族,男38例,女16例,年龄28岁-62岁。
1.2 主要试剂与仪器 HRM分析必需试剂:LightCycler 480 High Resolution Melting Master(瑞士Roche公司);其它试剂和仪器:DNA 抽提试剂盒(上海华舜公司)、pGEM-T(美国Promega公司)、Gel Extraction Kit(德国Qiagen公司)、BIGDYE (美国Applied Biosystems公司)、核酸蛋白测定仪(德国Eppendorf公司)、PCR扩增仪(美国BD公司)、LightCycler 480荧光定量分析仪(瑞士Roche公司)、ABI3100测序仪(美国Applied Biosystems公司)。
1.3 方法
1.3.1 标本采集和DNA提取 组织在手术切除后快速冻存于液氮中,-80oC保存待用。将冰冻切片评估肿瘤组织含量>50%的标本用于检测。组织样本(50 mg)中的DNA提取按照基因组DNA 抽提试剂盒说明书操作。使用Eppendorf核酸蛋白测定仪测定DNA纯度及含量,要求吸光度(A)值280/260>1.80,调整DNA浓度至5 ng/μL。
1.3.2 HRM检测 按照文献[5]设计p53基因突变检测引物,外显子5-8的引物序列见表1。所有引物均由大连宝生物公司合成,用HPLC进行纯化。……
