假丝酵母SSR-PCR反应体系的优化

2011-06-13孙晓红杨艳秋张云峰横山耕治

中国实验诊断学 2011年1期

孙晓红,杨艳秋,贺丹,张云峰,横山耕治,王丽*

(1.吉林大学白求恩医学院病原生物学系,吉林长春130021;2.北华大学基础医学院;3.吉林大学第一医院;4.日本千叶大学真菌医学研究中心)

微卫星(Microsatellite)又称为简单序列重复(Simple sequence repeats,SSR),是指基因组中由l-6个核苷酸为基本单位的串联重复序列构成的一段DNA。广泛分布于真核生物基因组中,由于其在群体中的多态性高,且一般为共显性遗传,已成为一种很好的分子遗传标记。目前在真菌的研究中,SSR主要用于种群遗传多样性、近缘种间及种内的系谱研究、基因分型等[1-4]。

近年来,医院内真菌感染日益增多,且主要表现为条件致病真菌感染。其中,假丝酵母居于第一位,但在国内及国外的多项研究中,检出的假丝酵母各菌种的构成比有很大差异[5,6]。为了追溯感染的来源,更有利于真菌感染的治疗,有必要使用分子生物学方法对假丝酵母进行正确的鉴定。以PCR为基础的SSR技术,因其对DNA质量要求不高及引物的通用性好等特点,对菌种的鉴定具有特殊意义[7,8]。本研究确定了SSR-PCR反应最适的退火温度,利用正交实验优化反应体系,建立了最佳的SSR-PCR反应体系。旨在为将该技术用于临床假丝酵母感染的快速鉴定奠定基础。

1 材料与方法

1.1 菌株

热带假丝酵母(Candidaparapsilosis)(JLCC33785)为SSR-PCR反应体系优化试验菌株,所用菌株由吉林大学真菌研究中心菌种保藏中心(Culture Collection of Jilin University Mycology Research Center,JLCC)保藏。