吕 冰,高守一,万康林

自从1882年科赫发现结核病由结核分枝杆菌感染引起以来,结核病一直是人类想要攻克的传染病之一。但是,经过百年来人们的努力,结核病仍然是影响人类健康的重要传染病之一。在上世纪九十年代,以分子分型技术为基础的分子流行病学,给研究结核病病原特征、感染传播和致病机制等提供了新的手段。尤其是结核分枝杆菌H37Rv全基因组序列测序完成后,结核分枝杆菌的分子分型研究取得飞速的发展,进入了一个全新的领域,也进而使结核病流行病学的研究取得了很大的进展。建立在基因序列基础上的分子分型技术可以了解病例间的相互关系,使得流行病学研究中对病例的追溯更加直观,易于了解结核病病原在人群中的传播动态特征。本文将介绍近年来国内外经常应用的及新建立的结核分支杆菌分子分型研究的主要方法,包括插入序列6110限制性片段长度多态性分析、寡核苷酸多态性分析、长片段多态性分析、富GC含量多态性、多位点可变数目重复片段多态性分析、以及单核苷酸多态性分析等。

1 插入序列6110限制性片段长度多态性分析

插入序列(Insert sequence,IS)是一种比较简单的转座元件,通常小于2.5kb,并且广泛分布于大多数细菌的基因组中〔1〕。插入序列一般不会携带表型基因,而只带有一些与其转座作用有关的基因,当它们转座到某一基因中使该基因失活或产生极性效应时才会被发现。插入序列位置的置换经常会使基因断裂,影响相邻基因活性或是改变其表达〔1-2〕。……