罗 瑶，胡本祥, 2，张 晗，史嘉周，姬海月, 2，净易尧，陈晓颖，王帮庆，颜永刚，赵 璠，李艳茸，彭 亮*

卵叶远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

罗 瑶1，胡本祥1, 2，张 晗1，史嘉周1，姬海月1, 2，净易尧1，陈晓颖1，王帮庆3，颜永刚1，赵 璠4，李艳茸4，彭 亮1*

1. 陕西中医药大学 药学院/陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心/“秦药”研发重点实验室，陕西 咸阳 712046 2. 陕西国际商贸学院，陕西 咸阳 712046 3. 汉中市科技资源统筹中心，陕西 汉中 723000 4. 榆林市第五医院，陕西 榆林 719000

解析卵叶远志叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。利用CTAB法提取卵叶远志叶片基因组DNA，通过Illumina HiSeq平台测序，再用GetCellelle组装叶绿体基因组，通过MEGA11构建邻接法（neighbor-joining，NJ法）系统发育树。卵叶远志的叶绿体基因组全长165 192 bp，GC含量为36.70%，共编码124个基因，其中包含8个rRNA基因、42个tRNA基因和74个蛋白编码基因；相对同义密码子使用度显示，67.29%的密码子的使用度＞1，密码子偏好A、T结尾；共检测到287个简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），其中以单核苷酸重复次数最多，占80.61%，单核苷酸主要由A和T组成，这表明在碱基形成过程中A和T被频繁使用；边界分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组边界较为稳定，卵叶远志、香港远志、远志、瓜子金和合叶草基因结构存在相似性；变异分析显示，9种远志属植物叶绿体基因组变异幅度较小；系统发育分析结果显示，卵叶远志、香港远志、瓜子金、远志、合叶草和西南远志因较高的支持率可聚成一支。构建了高质量的卵叶远志全叶绿体基因组，为卵叶远志的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础。……