韩国秀, 张多英, 张彦龙, 张 军

曾伟民1,2, 赵丹丹1,2, 雷 虹1,4

(1.黑龙江大学 农业微生物技术教育部工程研究中心, 哈尔滨 150500; 2.黑龙江大学 生命科学学院 黑龙江省普通高校微生物重点实验室, 哈尔滨 150080; 3.黑龙江大学 建筑工程学院, 哈尔滨 150080;4.黑龙江大学 生命科学学院 黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室, 哈尔滨 150080)

0 引 言

假单胞菌(Pseudomonas)是革兰氏阴性菌中种数最多的一个属,目前该属有368 个种[1]。该属的大多数成员都有共同的特征,如革兰氏染色阴性、杆状、有鞭毛、不形成芽孢、过氧化氢酶阳性以及氧化酶阳性等。假单胞菌可存在于水、土壤、空气、植物以及人体肠道中,生活环境范围广泛,代谢途径多样。由于假单胞菌属分类非常复杂,因此在种水平上对其进行鉴定仍然是一项艰巨的任务。

1 材料与方法

1.1 试验材料

菌株Y39-6从哈尔滨周边地下水中分离筛选获得[4]。试验用LB培养基:胰蛋白胨 10 g·L-1,酵母粉 0.5 g·L-1,NaCl 10 g·L-1,pH调为6.9～7.0。

1.2 试验方法

1.2.1 基因组的DNA提取、测序与拼接

配制100 mL LB液体培养基,在121 ℃下灭菌30 min,冷却后,以2%接种量将菌株Y39-6接入100 mL灭菌的LB培养基中,在20 ℃、160 r·min-1条件下过夜培养,获得新鲜菌液。采用Ezup柱式细菌基因组DNA抽提试剂盒(上海生工生物工程股份有限公司)从菌株Y39-6中提取基因组DNA[7]。

委托上海美吉生物医药科技有限公司(Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd) 对提取到的基因组DNA进行全基因组序列测序。通过SOAPdenovo 2.04[8]软件对菌株Y39-6的基因序列进行组装;通过Glimmer[9]软件(http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml)对基因组中的编码序列(CDS)进行预测;通过RNAmmer[10]软件对基因组中包含的 rRNA 进行预测,获得基因组中所有rRNA的种……