李诚，杨再福，王勇

（贵州大学农学院植物病理学教研室，贵州贵阳 550025）

《农业微生物学》课程是贵州大学农学院院级平台课和实验必修课，该门课程共48个学时，其中理论课32学时，实验课16学时。学生在掌握农业微生物学理论知识的基础上，重点学习农业微生物学的基本技术和经典的实验方法[1]。开放实验的设计与实践是《农业微生物学》的重要组成部分，教学内容的安排强调与农业微生物学的研究前沿密切相关，旨在引领学生掌握最新的前沿技术及研究热点动态，为强化学生的多元化培养和提升基本技能训练打下坚实的基础[2-3]。

真菌是微生物中的一大类群，在大自然中无处不在。真菌从酵母到蘑菇，生物多样性复杂，可分解动植物残体，也可引起动植物病害，还可合成抗生素药物等。真菌基因组研究是由不同研究者根据各自所需而推动起来的。从1996年第一个酿酒酵母真菌基因组公布以来[4]，到目前为止已有1 000多个真菌基因被相继公布[5]。对真菌基因组学的研究可为真菌在农业、医药卫生、生物能源和生态环境等领域的研究提供理论指导[6-7]。因此在《农业微生物学》中设计真菌基因组的组装开放实验尤为重要。

为了提高学生对真菌基因组组装技术的认知，我们以天麻褐腐病菌Fusarium oxysporum的三代测序数据为实验材料，通过分组协作的形式实践操作HGAP4[8]、Canu[9]和MECAT[10]3个基因组组装软件和QuickMerge[11]整合软件，并对结果进行整合、得到最终的基因组序列，通过实践培养学生的参与意识、团队协作意识、动手能力和独立思考能力等。……