哈尔滨医科大学卫生统计学教研室(150081) 丛雨欣 张秋菊 田 伟 张 奇 李 称 赵 敏 刘美娜

【提 要】 目的 构建lncRNA-mRNA共表达网络，探索与胃癌分期相关的lncRNA及其调控关系，为研究胃癌的进展机制及寻找胃癌治疗的潜在靶点提供依据。方法 利用TCGA数据库，收集胃癌RNA-seq数据及临床信息数据；采用表达数量性状位点(eQTL)分析与加权基因共表达网络分析(WGCNA)相结合的方法，构建lncRNA-mRNA共表达网络模块，结合临床信息筛选与胃癌分期相关的模块；采用Kruskal-Wallis秩和检验筛选模块内胃癌不同分期差异表达的lncRNA。结果 获得286例胃癌组织和30例癌旁对照组织样本的RNA-seq数据；eQTL分析得到5118对顺式作用和1 953 109对反式作用lncRNA-mRNA；2 999个lncRNA和3 884个mRNA纳入WGCNA，产生25个共表达模块，其中与胃癌分期高度相关的模块有3个；模块midnightblue、orange内18个枢纽lncRNA中有14个lncRNA在胃癌不同分期差异表达。结论 本研究筛选出14个与胃癌分期相关的lncRNA，这14个lncRNA可能通过调控mRNA的表达影响胃癌的进展，分析其对应的网络调控关系，为研究lncRNA-mRNA调控机制及探索胃癌治疗靶点提供了参考和方向。

lncRNA(long non-coding RNA)是一类转录长度超过200nt的非编码序列，通常由RNA聚合酶II转录形成。由于不编码蛋白质，lncRNA起初被认为是没有功能的转录垃圾。近年来发现，lncRNA在表观遗传学、转录及转录后水平等方面调控基因的表达，如干扰邻近基因的表达、作为共因子调节转录因子的活性、在转录后水平可与mRNA形成双链复合物调控基因表达水平。更值得关注的是，lncRNA在细胞异常调节、诱导肿瘤发生过程中起关键作用[1]。多项研究表明，lncRNA 与胃癌的发生、发展、转移和预后密切相关[2-3]。……