基于9种RNA的肾透明细胞癌预后模型建立与验证
2021-11-10管波单卫民
管波 单卫民
肾细胞癌是起源于肾实质泌尿小管上皮系统的恶性肿瘤,又称肾腺癌,简称为肾癌。在过去的20年里,肾癌的发病率增加了约2%[1],占肾脏恶性肿瘤的80%~90%[2]。男性为女性的1.5倍,发病高峰在60~70岁[3]。2016年WHO根据肾癌起源以及基因改变等特点将其分为肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma, ccRCC)(60%~85%)、乳头状肾细胞癌(7%~14%)、嫌色细胞癌(4%~10%)、集合管癌(1%~2%)和其他罕见类型等[4]。ccRCC是肾癌最常见的病理类型,界限清楚,通常无包膜,切面呈黄色,常伴有出血和坏死。染色体3p缺失和von Hippel-Lindau(VHL)基因在3p25号染色体上的突变是最常见基因改变,其他的肿瘤抑制基因包括SETD2、BAP1和PBRM1等[5]。与乳头状肾细胞癌和肾嫌色细胞癌相比,ccRCC的预后更差[6]。癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱计划,采用大规模的基因组测序,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异,了解癌细胞发生、发展的机制。分子标签是指将一定数量的分子标志物进行组合,形成一个新的变量,并用此变量来判断或定义某些生物学特性。与单个标志物的分子模式不同,分子标签不单纯以单基因功能为研究基础,而是更加注重基因之间的共同协调作用,从整体和系统水平上对某种特定的生物学特性进行描述。
本研究利用TCGA高通量数据库数据,通过对数据再分析构建新的ccRCC预后分子标签,希望能用于临床判断ccRCC预后,并为ccRCC的病因及发病机制研究提供新的思路。
对象与方法
一、研究对象
从TCGA(https://www.cancer.gov)下载ccRCC 611例RNA-Seq测序数据(其中正常样本数据72例,肿瘤样本539例)和530例患者的临床数据,如患者性别、年龄、种族、病理分期、吸烟状况、放疗及化疗情况、存活状况等。……
