刘其则，陈忠荫，廖征蓝，夏 岩，郭 坤，杜 宇，林炽贤

(1.海南热带海洋学院a.水产与生命学院；b.海南省两栖爬行动物研究重点实验室；c.热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室,海南 三亚，572022;2.温州大学 生命与环境科学学院，浙江 温州 325035)

0 引言

SSR(Simple sequence repeat)是一类常用的微卫星分子标记，通常是由1～6个碱基组成的基本单位重复多次组成的一小段DNA序列[1]。SSR在真核生物基因组中广泛存在，具有丰富的多态性。SSR广泛用于遗传图谱构建、遗传多样性分析、数量性状基因座(QTL)分析和系谱分析等[2-5]。传统的SSR开发技术的过程烦琐，效率较低。基于转录组测序得到的SSR具有数目多和质量优等特点，已被广泛用于植物种质资源分析和谱系分析[6-7]。近年来，科研工作者对多种鱼类进行了基于转录组测序的SSR位点开发，为辅助分子育种提供了良好的遗传信息基础[8]151,[9]123,[10]。

北草蜥(Takydromusseptentrionalis)是蜥蜴科草蜥属的一种爬行动物，为中国特有种，这种方式的SSR位点开发在越来越多的类群中都有不同程度的开展，以此进行种群遗传、亲子鉴定和遗传图谱等相关研究[11]。北草蜥广泛分布于我国的华北地区，其系统发育树的构建和遗传结构的分析有助于人们了解爬行动物的进化过程中的重要事件。北草蜥生境类型较多，体色变化具有环境温度依赖性，在其不同种群间也存在体色变化能力的差异[12]。说明北草蜥皮肤颜色和变化能力都与环境有很强相关性，在基因水平上也可能存在很大的种群差异性。本文基于北草蜥皮肤的转录组测序结果分析，得到了大量的SSR位点和SNP信息；……