陈紫昕, 刘海灿, 屈勇刚, 邓云丽, 宋德强, 徐春生, 祁凤华, 万康林, 刘志广, 袁秀琴

(1.南华大学公共卫生学院，湖南省衡阳市421001；2.中国疾病预防控制中心传染病预防控制所国家重点实验室，北京市102206；3.石河子大学动物科技学院，新疆维吾尔自治区石河子市832003；4.新疆生产建设兵团第八师石河子市动物卫生监督所，新疆维吾尔自治区石河子市832000)

人兽共患病是发生于人和动物间的传染性疾病，病毒、细菌或寄生虫可作为其病原体，通过直接或间接接触传播给人类[1-3]。宏基因组测序技术对样本中的核酸直接进行测序，与微生物数据库进行比对分析，根据比对得到的序列信息判断样本包含的病原微生物种类，能够快速检测出样本中较多的病原微生物，且无需特异性扩增[4]。由于关于中国羊体内细菌菌群及携带的人兽共患病原菌的研究较少，因此本文采用宏基因组测序方法了解新疆羊呼吸道及消化道中主要的细菌种类和分布情况，以及其携带的人兽共患主要病原菌，为羊健康养殖和相关疾病预防控制提供一定的基础科学数据。

1 材料和方法

1.1 样品来源

样品来自新疆南疆(喀什市)和北疆(石河子市)的大型牧区，于2019年8月同期进行样品采集。其中，石河子市采得羊肛拭子140份，羊口咽拭子43份；喀什市采得羊肛拭子91份，羊口咽拭子29份，共303份样品。为避免交叉污染，均使用一次性棉拭子采集样品，并密封在无菌容器中，利用车载冰箱运回实验室，保存于-70 ℃超低温冰箱。……