尹 阳，孙巨军，李 越，李 欣，何 谦

（1.西安交通大学第二附属医院检验科，西安 710004；2.西电集团医院检验科，西安 710077）

乳腺癌（breast cancer）是女性发病率最高的癌症，占女性新患肿瘤的30%[1]。治疗乳腺癌成功的关键很大程度上在于患者确诊时疾病的分期情况[2]，因此，及早发现乳腺癌是乳腺癌治疗的关键因素。找寻能够早期发现乳腺癌的标志物是目前乳腺癌诊治中的一个重大挑战。

miRNA 是一类在转录后水平起调控作用的基因家族，长度约21 个核苷酸，在生物进化过程中不易发生改变，其广泛存在于真核生物中，它们在各种生理和发育过程中控制基因的表达，因此在转录后调控中起着至关重要的作用[3]。miRNA 与人类各种疾病的联系是近几年来生物医学领域的一个研究热点，多种miRNA 的突变或表达异常可能与癌症的发生发展密切相关，已发现有力的证据表明miRNA可以用于癌症的诊断、分期及预后[4]。近几年来很多研究将miRNA 作为原发性乳腺癌诊断标志物，并显示出良好的临床前景。与单个miRNA 相比，联合多个miRNA 显示出更好的诊断性能，本文拟通过生物信息学技术，筛选出合适的miRNA 用于早期诊断。

1 材料与方法

1.1 资料来源 从肿瘤基因组图谱TCGA（http://cancergenome.nih.gov/）中获取原发性乳腺癌组织和正常乳腺组织的miRNA 表达数据。使用miRwalk 2.0（http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/）软件预测miRNA 可能作用的基因，使用c-Bioportal（http://www.cbioportal.org/）数据库筛选乳腺癌高频突变基因。

1.2 方法

1.2.1 差异表达miRNA 筛选：使用TCGA biolinks R 包下载TCGA-BRCA miRNA 表达数据。使用Deseq2 R 包对TCGA-BRCA miRNA 表达数据进行差异筛选，筛选条件为LogFC（foldchange）大于3，P＜ 0.05。并使用ggplot2 R 包绘制火山图。

1.2.2 靶基因预测：使用miRwalk 2.0 软件预测差异miRNA 的可能作用的基因即靶基因。……