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人脑胶质瘤lncRNA PIK3CD-AS2表达及临床意义

2021-10-13郑江林汪珉杰姜晓兵

临床神经外科杂志 2021年9期
关键词:数据库水平分析

郑江林 王 旋 汪珉杰 姜晓兵

胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤,具有难治疗、易复发、生存期短的特点[1~3],特别是胶质母细胞瘤,中位生存期仅8 个月左右[4]。近年来,胶质瘤潜在的分子生物学标志物成为研究的重点。长链非编码RNA(long-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于200 个核苷酸的非蛋白编码转录子,通过染色质修饰、转录修饰和转录后修饰等参与基因的表达调控,与肿瘤细胞的增殖、侵袭、代谢、耐药等紧密相关[5,6]。本文探讨lncRNA PIK3CD-AS2在人脑胶质瘤中的表达情况及临床意义。

1 资料与方法

1.1 公共数据库检索 检索TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载胶质瘤组织RNA测序数据及对应的临床数据。纳入标准为:①总生存期≥30 d;②WHO 分级明确;③IDH 突变、1p19q共缺失和MGMT 启动子甲基化数据完整。最终纳入符合标准的胶质瘤共531 例。检索GTEx 数据库(https://gtexportal.org/)下载1 152例正常脑组织的RNA测序数据作为对照。所有RNA 测序数据经过统一的标准化处理。

1.2 临床病例 收集2010 年9 月至2015 年6 月手术切除的原发性胶质瘤标本127例,其中男84例,女43例;年龄19~76 岁,平均(45.14±11.50)岁;WHO 分级Ⅱ级45例,Ⅲ级55例,Ⅳ级27例。所有病人均为首次手术且术前未行放化疗,术后均随访至2020 年6月或直至死亡。另收集2018 年1 月至2019 年10 月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织标本38 例作为对照,其中男22 例,女16 例;年龄24~69 岁,平均(44.24±11.53)岁。本研究由华中科技大学同济医学院研究伦理委员会批准。

1.3 临床病例的lncRNA PIK3CD-AS2 的提取及检测 采用Trizol 提取总RNA,测定RNA 纯度和浓度,应用逆转录试剂盒(Takara RR036A)逆转录成cDNA,qRT-PCR 采用TB Green Premix Ex TaqⅡ(Takara RR820A),检测lncRNA PIK3CD-AS2 表达水平。引物序列:PIK3CD-AS2 正义链5'-GGGATCATAAATGCTTGCTGTT-3',反义链5'-CGTATTAGTTACTGGTTGCTGTT-3';内参GAPDH 正义链5'-GGTGAAGGTCGGAGTCAACG-3',反义链 5'-TGGGTGGAATCATATTGGAACA-3'。……

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