基于生物信息学的胃癌关键基因的鉴定和预后分析
2021-10-11侯慧轩王俊杰郭伟华
侯慧轩,王俊杰,郭伟华
(新乡市中心医院/新乡医学院第四临床学院,河南 新乡 453000)
胃癌(gastric cancer,GC)是最常见的消化道肿瘤之一,发病率、病死率高[1]。GC的发生是多因素共同作用的结果,如饮食、生活方式、遗传因素和幽门螺杆菌感染等[2]。目前,GC治疗的方式越来越多样化,主要包括手术、化疗、放疗、靶向治疗和免疫治疗[3-4],但多数GC患者诊断时已是晚期,生存率低[5]。因此,积极寻找GC的诊断、预后生物标志物和潜在治疗靶点十分重要。
近年来随着生物信息学技术的发展,其在疾病诊断、预后和筛选治疗药物等方面起着重要的作用[6]。利用生物信息学技术可以明确GC细胞周期相关基因及其表达情况[7],但关于GC的发病机制仍不清楚。细胞癌变过程中参与调控的基因众多,并且不同基因之间存在复杂的相互作用,单个基因的研究有很大局限性。生物信息学可以从宏观上分析大数据,在多基因水平研究肿瘤,从而能够更好地探索疾病发病机制。本研究应用生物信息学分析方法,筛选GC相关差异表达基因,对差异表达基因进行基因功能富集分析,筛选GC相关的关键基因并进一步构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction network,PPI),最后对关键基因与GC组织的表达和GC患者预后进行分析,为进一步探究GC发病机制和预后提供理论依据。
1 资料与方法
1.1 研究资料基因表达数据库GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)是公共基因数据库[8]。从中选取GSE54129 (GC组织111,正常组织21)、GSE29998 (GC组织50,正常组织49)和GSE19826 (GC组织12,正常组织15)3组数据作为研究对象,GSE54129和GSE19826两组数据使用相同的基因测……
