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肝癌与肺腺癌中FEN1的表达和预后分析

2021-09-15赵恒宇郑浩青黄河儒李维嘉吴振兴

世界最新医学信息文摘 2021年62期
关键词:肝癌肺癌数据库

赵恒宇,郑浩青,黄河儒,李维嘉,吴振兴

(杭州医学院,浙江 杭州 310053)

0 引言

肝癌已成为人类第四大死因,目前我国肝癌发患者数约占世界肝癌发患者数的50%[1,2]。肝癌病例中有75%-85%为肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,LIHC)[3]。乙肝病毒、丙肝病毒、酗酒和马兜铃酸是LIHC的危险因素,这些因素将导致肝细胞损伤、炎症反应激活、细胞死亡以及肿瘤进展[4,5]。目前,LIHC缺乏早期诊断标志物和特异性治疗药物[6]。

肺癌死亡率最高的癌症,约85%的肺癌病例为非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC),而肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)是NSCLC中最常见的类型[7,8]。吸烟是肺癌的主要危险因素[9,10]。由于目前医疗技术的局限,大量肺癌患者确诊时已为晚期[11]。

结构特异性核酸内切酶I(flap endonuclease 1,FEN1)基因定位于染色体11q12,在DNA复制、损伤修复、重组中起到重要作用[12,13]。有研究报道,FEN1过表达存在于多种肿瘤,提示FEN1过表达与肿瘤预后不良相关[14]。已有META分析证明FEN1与LIHC及LUAD相关[15-17]。

本研究使用ONCOMINE、DriverDBv3、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)、GEPIA、Kaplan-Meier Plotter和UALCAN等数据库和挖掘工具,探究FEN1表达在LIHC与LUAD中的预后价值。本研究也使用了STRING、Metascape、cBioPortal数据库等网络工具对FEN1进行蛋白互作分析、富集分析、突变分析。研究结果表明,FEN1是LIHC和LUAD的潜在诊疗与预后的生物标志物。

1 方法

1.1 FEN1表达差异分析

ONCOMINE(https://www.oncomine.org)是一个癌基因和癌基因组数据库[18]。为获取FEN1在肝癌和肺癌中及正常组织中的表达数据,我们设定数据将筛选条件如下:①Gene:FEN1;② Analysis Type:Cancer vs.Normal Analysis;③ Data Type: mRNA;④临界值设定条件:P<0.01,Fold Change>1.5,Gene Rank:10%。

DriverDBv3(http://driverdb.tms.cmu.edu.tw)是一个癌症组学数据库[19]。本研究使用DriverDBv3分析FEN1基因在原发性LIHC和LUAD中表达与在正常样本中表达的差异。

UALCA(http://ualcan.path.uab.edu)是一个交互式的癌症组学数据库,收录了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)等多数据库资源[20]。……

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