TNFSF13B基因与肾透明细胞癌预后及肿瘤微环境的关系
2021-09-14郑浩然蒋爱民
郑浩然,蒋爱民,刘 娜,傅 潇,姚 煜
(西安交通大学第一附属医院肿瘤内科,陕西西安 710061)
在世界范围内,肾癌约占成人恶性肿瘤的2%~3%,其最常见的病理类型为肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,RCCC),约占肾癌病理分型的75%[1]。RCCC预后差,早期诊断困难,20%的患者初诊时已经出现转移,晚期患者5年生存率小于10%[2]。因此,找到RCCC早期诊断及预后相关的生物标志物至关重要。以培唑帕尼、舒尼替尼等为代表的靶向治疗是晚期RCCC的传统一线治疗。近年来,免疫治疗的出现在晚期RCCC的治疗中具有里程碑式意义[3],肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)也成为当下的研究热点。本研究基于TCGA数据库,通过生物信息学方法找到与RCCC肿瘤微环境相关的差异表达基因TNFSF13B,进一步验证了其在RCCC中的表达、对RCCC预后的影响及其与RCCC肿瘤微环境成分的关系,为RCCC的发病机制、早期诊断、综合治疗及预后评价提供了新思路。
1 资料与方法
1.1 数据来源605例RCCC病例(正常样品72例,肿瘤样品533例)的转录组RNA-seq数据和相应的临床数据均从TCGA数据库(https:∥portal.gdc.cancer.gov/)下载。
1.2 ESTIMATE评分、免疫评分和基质评分的计算
使用R语言estimate包中的ESTIMATE算法估计肿瘤微环境中免疫成分和基质成分的比率,以3种得分的形式展现:免疫评分(immune score)、基质评分(stromal score)和ESTIMATE评分。其分别与免疫成分、基质成分和两者之和呈正相关。得分越高,TME中相应成分的比率越大[4]。
1.3 生存分析及临床相关性分析使用R语言survminer包进行生存分析,生存曲线通过Kaplan-Meier法绘制,采用对数秩和检验,以P<0.05差异有统计学意义。使用Wilcoxon秩和检验或Kruskal-Wallis秩和检验进行临床相关性分析,P<0.05为差异有统计学意义。
1.4 在免疫评分和基质评分的高分组和低分组之间生成差异表达基因根据免疫评分和基质评分的中位数将肿瘤样本分为高分组和低分组。……
