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基于SurvivalMeth数据库分析NMUR1在乳腺癌中的甲基化状态及其对预后的作用

2021-09-09王明华华永永樊一飞李文仿

激光生物学报 2021年4期
关键词:乳腺癌数据库分析

张 华,王 耕,王明华,华永永,樊一飞,王 蓓,袁 杰,李文仿,李 志

(1. 十堰市太和医院(湖北医药学院附属医院)普通外科,胚胎干细胞研究湖北省重点实验室,十堰 442000;2. 中南大学湘雅医学院附属海口医院普通外科,海口 570000;3. 锦州医科大学太和研究生培养基地, 十堰 442000)

神经介素U(neuromedin U,NMU)属于平滑肌收缩多肽,因可以引起子宫(uterus)平滑肌强烈收缩, 故以U命名[1]。NMU及其受体神经介素U受体1(neuromedin U receptor 1,NMUR1)广泛分布于人体的各个器官,参与调控新陈代谢、应激、摄食行为等多种生理功能,在多种癌症的发生发展中也具有重要的作用[2]。研究表明,在口腔癌[3]、食道癌[4]、头颈磷状上皮细胞癌[5]以及白血病[6]等恶性肿瘤中,NMU和NMUR1的甲基化对于肿瘤的发生发展有十分重要的作用。乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)是女性最常见的恶性肿瘤,也是癌症死亡的第二大原因,仅此于肺癌[7]。尽管乳腺癌的综合治疗已取得了很大的进展,但其侵袭性生长和易转移的特点仍是导致死亡的重要原因之一[8-10]。因此,研究与BRCA预后相关的基因对于评价患者的病情和生存具有重要意义。

DNA异常甲基化是癌症表观遗传学的一个基本特征。DNA甲基化相关功能元件(DNA methylation-related functional elements,DMFEs)的异常可导致肿瘤进展中调控基因的功能障碍,从而影响癌症患者的预后[11]。SurvivalMeth (http://bio-bigdata.hrbmu. edu.cn/survivalmeth)是由李霞教授等国内学者[12]开发的一个研究DMFEs对癌症预后影响的数据库,共收集了36种癌症包含13 371个样本中的81个DNA甲基化谱。用户可以用其在不同的数据集中研究他们感兴趣的基因,并且可以通过自动化分析与预后相关的DMFEs,包括甲基化水平、相关分析、临床分析、差异分析等,从而预测癌症的预后。……

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